D'une puissance de 145 chevaux (en version libre) tirée du bloc moteur de la R1 pour une cylindrée de 998 cm³, la FZS 1000 Fazer propose en 2001 de solides armes pour lutter contre la vieillissante 1200 Bandit. Les freins sont également hérités de la R1. Le cadre reste un double berceau. Elle reprend les éléments qui ont fait le succès de la 600, comme l'agrément de conduite, le confort.
Comme sa petite sœur de 600 cm³, la 1000 Fazer est complètement remaniée en 2005. Elle devient FZ1 Fazer. Elle gagne en sportivité et joue maintenant contre la Kawasaki Z1000. Son moteur provient toujours de la R1, mais du modèle 2005, délivrant 150 chevaux. Le cadre devient périmétrique.
Le FZ1 Yamaha est proposé en deux versions : routière ou roadster. La version routière pèse 199 kg à sec et le roadster 194 kg. Les deux versions sont proposées avec un système ABS en option qui vient rajouter 6 kilos supplémentaires.