En 1997-1998, Alexandre Godefroy-Lebeuf envoie aussi des graines au jardin botanique de Boma, dans l'État indépendant du Congo, un territoire sur lequel le roi Léopold II de Belgique exerça une souveraineté de fait de 1885 à 1908. Le roi avait commencé à nourrir des ambitions colonisatrices au Congo dès 1877, après avoir cherché d’autres territoires, dont la Chine, le Japon, Bornéo, Fidji, et s'intéressait au début à l'ivoire.
L’ouverture en 1898, de la ligne de chemin de fer Matadi-Léopoldville, lancée dès 1890, permit de convoyer à peu de frais, sur 366 kilomètres et jusqu'à la mer, l'ivoire, produit pour lequel la Société anversoise avait reçu une concession en 1892. Effectué jusque là par portage à dos d’homme, le transport était extrêmement coûteux. La voie ferrée fut achevée très rapidement, afin de favoriser le développement des plantation d'hévéa, épisode raconté dans le roman Au cœur des ténèbres, longue nouvelle de Joseph Conrad, parue en 1900 en feuilleton dans une revue, dirigée à Édimbourg par William Blackwood. La construction trop rapide de la ligne coûta la vie à 1932 personnes (1800 noirs et 132 blancs, en raison des difficultés pour sortir des gorges du Congo, par le canyon de la rivière M’pozo, puis par un passage à travers les les monts de Cristal.
La compétition avec les autres pays semant des graines amena les colons belges à abuser du travail forcé, pour planter avant eux un maximum d'arbres, afin d'occuper le marché mondial et décourager la concurrence. À partir de 1900, une vague d’indignation et de protestation déferla au Royaume-Uni principalement, puis aux États-Unis et dans quelques pays européens. Le sommet de l'exploitation de l'hévéa intervint au Congo en 1903, lorsque le prix du caoutchouc arriva au plus haut.
La concurrence de l’Asie du sud-est, en particulier de la Malaisie, où les plantations d'hévéas se multiplièrent, généralement contrôlées par des firmes britanniques rivales, fit ensuite chuter les prix du caoutchouc. Pendant ce temps, le coût du recrutement de la main d’œuvre grignotait les marges bénéficiaires des 4 sociétés concessionnaires dans l'État indépendant du Congo, l’ABIR, la Société anversoise, la Compagnie du Kasaï et le Comité spécial du Katanga, la gestion privée de Léopold II devenant vulnérable aux attaques des autres nations, en particulier du Royaume-Uni.
Edmund Dene Morel, ex-employé d’une grande compagnie de transport de Liverpool, devenu journaliste d’investigation à temps plein, publia ses articles avec l'aide de commerçants de Liverpool, souhaitant la fin du monopole de Léopold II sur le pays, dont John Cadbury (1801–1889), un quaker fondateur de la société qui porte son nom. Au même moment, les descendants de Joseph Storrs Fry (1728 – 1787), le premier industriel anglais du chocolat, refusent d'importer du chocolat de la colonie portugaise de São Tomé, proche des côtes africaines, jugeant les conditions de production inacceptables.
Mark Twain et Arthur Conan Doyle lui emboîtèrent le pas, dans Le soliloque du Roi Léopold et Le Crime du Congo. La Chambre des communes vota une résolution demandant une enquête et en 1904, Sir Roger Casement, consul britannique, publia un rapport détaillé. Le parlement britannique demanda la convocation d’une nouvelle réunion des 14 signataires du traité de Berlin de 1885. Le parlement belge, dirigé par le socialiste Émile Vandervelde força Léopold II à créer une commission indépendante, qui confirma les abus en 1905.
Finalement, le 15 novembre 1908, quatre ans après le rapport Casement et six ans après la sortie de Heart of Darkness, le Parlement de Belgique vota l’annexion de l’État indépendant du Congo, et prit en charge son administration. Sir Roger Casement se lancera dans les années 1910 dans d'autres opérations anti-colonialistes, cette fois contre son propre pays, en épousant la cause irlandaise.