En août 1944, les armées de la libération foncent sur Nantes. Se constitue alors la poche de Saint-Nazaire. Le 12 août, Saint-Gildas-des-Bois subit un double bombardement aérien. La première bombe atteint le clocher de l'église abbatiale de plein fouet. La toiture de la tour s'effondre à la croisée du transept. Rongé par le feu, le beffroi connaît le même sort le lendemain, entraînant dans sa chute les quatre cloches. Les vitraux sont soufflés par l'explosion et les toitures gravement endommagées. Livrée aux intempéries pendant plusieurs années, l'abbaye se relève au prix de travaux qui s'efforcent de préserver sa physionomie d'origine.
Les vitraux situés dans les parties basses sont complètement détruits et, par manque de finances, remplacés par des verres cathédrale de peu d'intérêt esthétique. Quarante ans plus tard, en 2007, par la volonté d'amoureux du patrimoine, quatorze d'entre eux sont remplacés par des vitraux en cristal monochrome transparents représentant des enfants. L'ensemble du projet est conçu par Pascal Convert.
L'artiste a souhaité s'inspirer de la dédicace de Saint-Gildas, invoqué pour soigner la folie. Il s'est ainsi procuré, auprès des Archives nationales, des photos d'enfants tirées du livre Invention de l'hystérie, de Georges Didi-Huberman, ouvrage relatant les pratiques réalisées autour de l'hystérie à l'hôpital de la Salpêtrière du temps de Charcot. Les visages ont été modifiés afin de représenter les enfants les yeux clos, en situation de méditation. Ainsi sont nés les portraits figurant sur les vitraux. Les autres étapes de la réalisation ont été assurées par Claus Svelte pour les matrices, Olivier Juteau pour la fabrication du cristal et Jean-Dominique Fleury, maître verrier.