L’Académie de Gundishapur (en persan : دانشگاه گنديشاپور, Dânešgâh Gondišâpur, également connue sous les noms de Jondishapoor, Jondishapur, Jondishapour, Gondeshapur, Gondê Shâpûr, Jund-e Shapur, Jundê-Shâpûr, etc.) à l'ouest de l'Iran, était une célèbre Académie universitaire de la ville de Gundishapur qui fut, au cours de l’Antiquité tardive, le centre intellectuel de l’empire sassanide. La ville a été fondée en 271 par le roi Shapur Ier, mais l'école a commencé ses activités beaucoup plus tard. L'hôpital de Gundishapur est le plus ancien hôpital d'enseignement connu après celui d'Alexandrie et celui d'Edesse. L'école comprenait aussi une bibliothèque et un observatoire. Elle était située dans l'actuelle province du Khuzestan, dans le sud-ouest de l'Iran, près de la rivière Karoun. Elle proposait l’enseignement de la médecine, de la philosophie, de la théologie et des sciences. Le corps professoral était versé non seulement dans les traditions zoroastriennes et perses, mais enseignait aussi les langues grecques et indiennes. Selon les historiens le Cambridge de l'Iran, était le centre médical le plus important de l'ancien monde (défini comme le territoire de l'Europe, de la Méditerranée et du Proche-Orient) au cours des 6e et 7e siècles.
En 489 CE, la fermeture du centre théologique et scientifique nestorien d’Edesse, en Mésopotamie fut ordonnée par l’ empereur byzantin Zeno, ainsi que son transfert à l’École de Nisibe, également connue sous le nom de " Nisibīn", alors sous domination de l’empire Perse au siège des facultés laïques de Gundishapur, au Khuzestan. Ici, les savants, en collaboration avec les philosophes païens bannis d’Athènes par Justinien en 529, ont réalisé d’importants travaux de recherche en médecine, astronomie et mathématiques.
Toutefois, ce fut sous le règne de l'empereur sassanide Khosro Ier (531-579 CE), surnommé Anushiravan, littéralement «âme immortelle», et connu par les Grecs et les Romains sous le nom de Chosroes, que Gondeshapur a été renommé pour son enseignement de la médecine et ses érudits. Khosro Ier a donné refuge à de nombreux philosophes grecs, de langue syriaque et à des chrétiens nestoriens qui fuyaient les persécutions religieuses de l’empire byzantin. Les Sassanides ont longtemps lutté contre les Romains et les Byzantins pour le contrôle des territoires qui forment de nos jours l’Irak et la Syrie, et étaient naturellement disposés à accueillir les réfugiés (Ils donnèrent asile aux derniers philosophes néoplatoniciens après la fermeture de l'école d'Athènes, ordonnée en 529 par Justinien).
Le roi, grand amateur de culture héllenique, a chargé les réfugiés de traduire les textes du grec et du syriaque en persan (écriture pehlevi). Ils ont traduit différents ouvrages concernant la médecine, l'astronomie, la philosophie, les techniques de l’artisanat. Cependant, on dit que les philosophes ne se seraient pas plu en Perse et seraient retournés plus tard en Grèce.
Plus que le persan, on utilisait le syriaque dans lequel furent traduits les oeuvres de Galien, une grande partie d'Hippocrate, la Logique d' Aristote, des traités d'astronomie, de mathématiques et d'agriculture. L'évêque monophysite Georgios y traduit l'Organon d'Aristote et un autre évêque, Sévéros, qui traduit les Analytiques, est connu pour avoir introduit en Iran les chiffres indiens qui seront appelés plus tard chiffres "arabes".
Anushiravan s’est également tourné vers l'est, et a envoyé le célèbre médecin Borzouye inviter des savants indiens et chinois à Gondishapur. Ces visiteurs ont traduit des textes indiens sur l'astronomie, l'astrologie, les mathématiques et des textes chinois sur la médecine, ainsi que la phytothérapie et la religion. Borzouye aurait lui-même a traduit le Pañchatantra du sanskrit en persan sous le titre de Kalila u Dimana.