La dynastie sassanide a été chassée du pouvoir par les armées arabes musulmanes en 638. L'académie a survécu au changement de dirigeants et a fonctionné pendant plusieurs siècles comme institut musulman d'enseignement supérieur. Il a ensuite été supplanté par un institut créé dans la capitale abbasside de Bagdad. En 832 CE, le calife Al-Ma'mūn a fondé la célèbre Baytu l-Hikma, la Maison de la sagesse. Il y a imité les méthodes de Gundishapur, en effet, la Maison de la sagesse était encadrée par des diplômés de l'ancienne Académie de Gundishapur. On estime que la Maison de la sagesse a été dissoute par Jafar al-Mutawakkil, le successeur d’Al-Mamun. Toutefois, à cette époque le centre intellectuel du califat abbasside a été définitivement transféré à Bagdad, de telle sorte que désormais on trouvera dans la littérature contemporaine peu de références aux universités ou aux hôpitaux de Gundishapur.
L'importance du centre a progressivement décliné. Selon le recueil Lestrange 1905 des géographes arabes de 1905, Le califat des terres de l'Est, Muqaddasi l’écrivain du 10ème siècle décrit Gundishapur comme tombant en ruines (Lestrange, 1905, p. 238).
Selon Cyril Elgood dans A Medical History of Persia:
En plus de la formalisation des soins médicaux et des connaissances, les érudits de l'Académie ont également transformé l'enseignement de la médecine : plutôt que d'apprendre avec un seul médecin, les étudiants en médecine ont été appelés à travailler à l'hôpital sous la supervision de toute la faculté de médecine. Il existe même des preuves que les diplômés ont dû passer des examens pour exercer comme médecins accrédités à Gundishapur (ainsi qu’il est rapporté dans un texte arabe, le Tarikhu l-Ħikama).
George Ghevarghese Joseph, dans son Crest of the Peacock confirme que Gundishapur a également eu un rôle central dans l'histoire des mathématiques.
Sous la dynastie Pahlavi, l’héritage de Gundishapur a été honoré par la fondation de l'Université Gundishapour et sa sœur jumelle l’institution Jondishapur University of Medical Sciences, près de la ville d’Ahvaz en 1959.
La Jondishapour University of Medical Sciences a été fondée à ce moment et a reçu le nom de son prédécesseur sassanide, donné par son fondateur et premier chancelier, le Dr. Mohammad Kar, le père de Cyrus Kar, à Ahvaz en 1959.
L’université de Gundishapur a été rebaptisée Shahid Chamran University of Ahvaz en 1981 en l'honneur de Mostafa Chamran. Elle a été rebaptisée à nouveau Ahvaz Jondishapur University of Medical Sciences récemment, sites Web : http://ajums.ac.ir/en/default.aspx http://ajums.ac.ir Si on se base sur le fait que l’université de Gundishapur a été fondée par le roi iranien Shapur Ier, il y a plus de 2200 ans, elle est la plus ancienne université de l'histoire de l'humanité.
La première femme à être nommée comme vice-chancelier dans une université d’Iran, le Dr. Tal'at Basāri, a été nommée à cette université au milieu des années 1960, et au début de 1968, les plans d’un campus moderne ont été conçus par le célèbre architecte Kamran Diba [3].
L’antique Gundishapur doit également bénéficier de fouilles archéologiques. Des experts de l'Archaeological Research Center de l’Iran's Cultural Heritage Organization et l'Institut oriental de l’université de Chicago a planifié des fouilles pour le début de l'année 2006 [4].