Depuis des siècles, les civelles escaladaient ou contournaient littéralement les vieux barrages de moulins à eau couverts de mousse ou d'algues, mais elles sont maintenant victime de fragmentation écopaysagère dans le cas des grands barrages hydroélectriques. L'anguille régresse probablement aussi à cause de la disparition des zones humides et de ses corridors biologiques (prairies, fossés) qui lui permettaient de gagner les mares et étangs. Peut-être est-elle aussi victime de la pollution des marais littoraux et surtout des estuaires où les taux de plomb sont localement plus qu'alarmants (plomb de chasse, qui contient aussi de l'arsenic et de l'antimoine (ces plombs sont interdits dans les zones humides en France théoriquement depuis 2005 (dérogation jusqu'en 2006), mais les milliards de plombs déversés dans l'environnement y sont pour longtemps.
Les passes à poissons classiques, souvent exposées au soleil semblent mal adaptées à la dévalaison des anguilles qui recherchent l'ombre et s'engage dans les turbines des centrales électriques qui stressent, blessent ou tuent les gros poissons. La civelle étant attirée par la lumière et l'adulte repoussée par cette même lumière, l'éclairage a été testé pour guider ces poissons vers le « bon chemin » pour monter ou descendre un cours d'eau, mais le retour d'expérience est peu diffusé, et on ignore l'impact éventuel de cet éclairage pour d'autres espèces.
En Europe : Un règlement européen (R(CE) no 1100/2007)impose des mesures de connaissance, de protection et gestion restauratoire de l'anguille (chaque pays doit mettre en place un plan de gestion visant à reconstituer la biomasse en géniteurs en agissant sur toutes les causes de régression de l’espèce) ; ce règlement est immédiatement et directement applicable dans tous les États membres sans qu'ils aient à le traduire dans leur droit national.
En France : En 2008-2009, les PLAGEPOMI, les COGEPOMI, les SDAGE et SAGEs doivent intégrer cette priorité, et les autorités - sous l'égide de l'ONEMA - doivent veiller à l'application du règlement (sous peine de sanctions financières importantes à payer à l'Europe). La France a rédigé son plan de gestion en 2008. Le volet national a été écrit par un secrétariat technique national (MAP + MEEDDAT + ONEMA) s'appuyant sur des groupes de travail (règlementation, Monitoring, Ouvrages, Repeuplement, Pêcherie & Contrôle, traçabilité) et les volets "régionaux" (par grands bassin-versant) ont été rédigés sous l'égide des DIREN en tant que secrétaires des COGEPOMI, avec la collaboration des Directions Régionales des Affaires Maritimes (DRAM), délégations inter-régionales de l’ONEMA, Agences de l’eau, et COGEPOMI. Une consultation à deux niveaux a eu lieu avant qu'une première version soit envoyée à Bruxelles (le 17 décembre 2008). Un comité national représentatif des acteurs intervenant dans le cadre de la gestion de l’anguille, et à un niveau local, les comités de bassin et leurs commissions. La France a annoncé en 2008 envisager que certaines mesures seront définies et différentiellement appliquées sur les 7 bassins (ou districts) hydrographiques définis dans la cadre de la DCE, mais la gestion se fera à l'échelle des 8 bassins des COGEPOMIs. Sur la façade méditerranéenne, la pêche de la civelle est maintenant interdite (elle n'était pas antérieurement officiellement pratiquée ou autorisée). Pour les anguilles jaunes et argentées en lagunes, la réglementation des engins et des dates sera privilégiée. la pêche récréative ciblée surtout avec engins sera réduite. La pêche à la civelle et l’utilisation d'’anguille en guise d'appât seront interdites ; et fin 2008, une saison de fermeture de la pêche de l’anguille était en discussion.
Le repeuplement pourrait être cadré par un quota « civelles » un monitoring des demande et des achats/ventes des États membres via les formulaires de commande et/ou une bourse d’échange via un site Internet européen. Une carte des sites potentiels de repeuplement (zones a priori isolée ou épargnée par les polluants et causes anormales de mortalité de l'anguille) pourrait être faite en France.
Un programme « recherche et développement » 2008-2009 (4 M€ pour 15 actions en 2008 et 19 en 2009) vise à disposer de techniques efficaces et financièrement acceptables d’aménagement d'ouvrages. Le « plan PCB » devrait contribuer à améliorer la qualité des cours d'eau.