Le style Renaissance austère n'a jamais vraiment pris au Portugal. Introduit par un architecte français en 1517, il fut surtout utilisé à partir de années 1530 par des architectes étrangers et fut pour cela surnommé estrangeirada. Par la suite ce style évoluera lentement vers le maniérisme. Le peintre et architecte Francisco de Holanda, auteur du livre Diálogos da Pintura Antiga, diffusera par ce traité les fondements de ce nouveau style.
La basilique de Nossa Senhora da Conceição à Tomar fut l'une des premières églises exécutée dans un pur style Renaissance. Sa construction commença son l'égide de l'architecte castillan Diogo de Torralva entre 1532 et 1540. Sa très belle et très claire architecture en fit un des plus bel exemple de la Renaissance précoce au Portugal. La petite église de Bom Jesus de Val verde au sud d'Évora attribuée à Diogo de Torralva et Manuel Pires en est un autre exemple.
Mais l'exemple le plus important de l'architecture de ce style est le Claustro de Dom João III (cloître de Jean III) du couvent de l'ordre du Christ à Tomar. Commencé son le règne du roi Jean III de Portugal, il fut achevé sous le règne de Philippe Ier du Portugal (qui était en même temps roi d'Espagne sous le nom de Philippe II). Le premier architecte fut l'espagnol Diogo de Torralva qui débuta les travaux en 1557 ; ceux-ci devaient s'achever en 1591 grâce à l'architecte de Philippe II, l'italien Filippo Terzi. Ce cloître magnifique de deux étages est considéré comme un parangon de l'architecture maniériste du Portugal.
Cependant l'architecte portugais le mieux connu de cette période reste Afonso Álvares qui édifia les cathédrales de Leiria (1551-1574), de Portalegre (commencée en 1556) et l'église de São Roque à Lisbonne. C'est à cette époque qu'il évolua vers le style maniériste.
Cette dernière, l'église de São Roque, fut terminée par l'architecte jésuite italien Filippo Terzi qui a aussi construit le collège jésuite d'Évora, le monastère de São Vicente de Fora à Lisbonne et le palais épiscopale de Coïmbre. Il réalisa énormément de construction et, en dehors des églises, il a aussi construit plusieurs aqueducs et forteresses.
Dans son sillage suivront plusieurs architectes portugais :
Durant le réunion du Portugal à l'Espagne, cette période comprise entre 1580 et 1640, un nouveau style se développa, appelé « Arquitectura chã » (plain architecture en anglais, architecture dépouillée) par George Kubler. Maniériste à la base, ce style se distingue aussi par une architectonique claire, une apparence robuste avec des surfaces planes et lisses et une composition de l'espace aux effets modérés, sans décoration excessive. Ceci constitue une rupture radicale d'avec le style manuélin très décoré. Ce style simplifié, dû en grande partie aux ressources financières limitées, s'exprima dans la construction d'églises-halles et de bâtiments de moindre importance. En réaction au baroque qui était alors la norme en Espagne, les Portugais continuèrent à construire selon ce style simple pour montrer leur sentiment identitaire.
Quand le roi Philippe II fit sa « Joyeuse Entrée » à Lisbonne en 1619, plusieurs arcs de triomphe temporaires furent érigés dans le style flamand de Hans Vredeman de Vries. Les planches illustrées de Wendel Dietterlin accrurent aussi l'intérêt porté à l'architecture et à l'art baroques flamands. Cette influence se voit sur la façade de l'église São Lourenço ou Grilos à Porto, commencée en 1622 par Baltasar Alvares.
Ce fut aussi la période qui vit un engouement des azulejos et du bois sculpté et doré (talha dourada) pour décorer les autels et les plafonds.