Le style baroque a procédé de la Contre-Réforme et en fut l'expression naturelle, une réaction de l'Église catholique romaine à la montée du Protestantisme. Mais comme les idées du Protestantisme ne s'étaient pas vraiment implantées au Portugal, le style baroque n'y devint pas vraiment non plus populaire alors même qu'il était dominant dans le reste de l'Europe. De plus, ce style était beaucoup trop associé aux règles jésuites espagnoles.
À la place d'un nouveau style, une transition du style entier à un baroque tardif fut adopté quand le Portugal recouvra son indépendance en 1640. Ce fut une période de déclin économique et militaire, avec moins de projets et ceux-ci étaient moins opulents.
José Fernandes Pereira a analysé la première période allant de 1651 à 1690 comme une période d'expérimentation :
La période suivante, entre 1690 et 1717, vit une timide percée du Baroque au Portugal.
L'église de Santa Engrácia (aujourd'hui le panthéon national de Santa Engrácia), commencée en 1682 avec João Nunes Tinoco comme architecte suivi de João Antunes, est une structure centralisée en forme de croix grec (une croix à quatre branches de même longueur), couronnée avec dôme central (terminé seulement en 1966 !) et les façades sont ondulées comme dans les projets baroques de Borromini. Celle-ci revient au projet de l'architecte italien Donato Bramante pour la basilique Saint-Pierre de Rome. C'est d'ailleurs peut-être la seule réalisation réellement baroque de tout le Portugal. Cette fois Rome devint le modèle architectural à la place des Flandres.
L'église de Senhor da Cruz à Barcelos construite par João Antunes en 1701-1704 constitue une expérimentation inhabituelle à cause de son plan en trèfle à quatre feuilles.