Par défaut, c'est dans le répertoire %SystemRoot%\System32\Config que sont stockés les fichiers de ruche suivants :
Les informations concernant un utilisateur sont stockées dans le répertoire correspondant à la variable d'environnement %UserProfile%. Par exemple, pour un utilisateur dont le login est "dupont", la valeur %UserProfile% sera par défaut "C:\Documents and settings\dupont". Il y a un fichier de ruche NTUSER.DAT par utilisateur.
Le répertoire %SystemRoot%\repair contient une sauvegarde de la base de registre ; elle est utilisée par Windows pour certains cas de figure. De plus, sous Windows XP, la restauration du système les stocke dans le répertoire \System Volume Information du disque système.
Des fichiers journaux (extension .LOG) et des fichiers de sauvegarde (extension .SAV) sont utilisés en interne par Windows pour pallier des coupures de courant intempestives, ou à toute autre forme d'arrêt brutal.
Les emplacements physiques des différentes ruches utilisées lors du dernier boot sont indiqués sous la clé hivelist de [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\.
Voici un exemple-type du contenu de hivelist :
Les fichiers contenant la base de registre sont User.dat et System.dat ; leur répertoire par défaut est \Windows.
Les fichiers contenant la base de registre sont User.dat, System.dat et Classes.dat ; leur répertoire par défaut est \Windows.
Le contenu de la base de registre sous Windows correspond aux fichiers des répertoires etc d'Unix ou de Linux.
Le système de Windows utilise des fichiers indexés (dérivés du moteur Jet de Microsoft Access), ce qui permet un accès optimisé aux informations de la base. La structure permet de créer une configuration multi-utilisateur de manière transparente.
A l'opposé, Unix utilise de simples fichiers texte pouvant contenir des explications concernant chaque paramètre. De plus, chaque paramètre est modifiable avec un simple éditeur de texte. Il est impossible de donner des droits sur chaque paramètre pour des utilisateurs différents sous Unix (ce que permet la base de registre de windows puisque toute clé est un objet ayant une ACL). Lorsque le besoin existe, il existe un fichier par utilisateur.
On peut aussi remarquer que les paramètres de la base de registre sont parfois en langage binaire ou hexadécimal, ce qui peut rendre difficile une modification.
En pratique, la base de registre de Windows ressemble à une “usine à gaz” si vous l'attaquez directement (ce qui ne devrait jamais être le cas, Microsoft fournissant des utilitaires en modes graphiques et convivial pour la gérer tels que gpedit.msc), alors que sous Unix, il y a des fichiers de configuration séparés pour chaque logiciel. En cas de corruption du fichier de base de registre, il est plus délicat de restaurer les données, contrairement à Unix où de multiples fichiers forment la configuration des programmes installés.
Lors d'erreurs de paramétrage, le retour en arrière est possible sous Windows : Windows fait automatiquement une sauvegarde de la base de registre, appelée Point de restauration.
rstrui.exe
en mode graphique pour revenir à l'un des points de restauration précédents. Cet utilitaire est présenté par défaut lors du démarrage en « mode sans échec ».Sous Unix (ou Linux), il n'y a pas de sauvegarde automatique des fichiers de configuration. Si l'utilisateur fait une erreur sur un de ses fichiers de configuration, il devra éventuellement passer au niveau d'init minimum, puis, dans tous les cas, il devra corriger le ou les fichiers de configuration avec un éditeur de texte simple.
GConf est l'équivalent de la base de registre pour les applications basées sur GNOME (une des interfaces graphiques open source).
Les données sont stockées au format XML. Les modifications des données sont faites via un démon. Le logiciel Gconf-editor permet aux utilisateurs avertis de naviguer dans la base de données, de consulter la documentation des paramètres et de les modifier.
La licence est GPL.
Le système d'exploitation AIX utilise lui aussi un équivalent de la base de registre, sous le nom de ODM (Object Data Manager).
Le projet Elektra de Avi Alkalay a pour but de centraliser tous les paramètres de configuration sous Linux dans une même structure. C'est l'équivalent de la base de registre sous linux.
Les 2 formats de stockage possibles (le backend) sont XML (même format que pour GConf) ou Berkeley DB. Les modifications des données sont faites directement, sans passer par un démon.
Le projet Elektra est sous licence BSD; il est hébergé par SourceForge.net.
Sur Mac OS X, l'équivalent de la base de registre est la base de données NetInfo (voir (en) en:NetInfo).