La basilique Santi Giovanni e Paolo (en français : basilique des Saints-Jean-et-Paul) est une église-basilique romaine située au clivo di Scauro sur la colline de Celio et proche de la villa Celimontana. Elle est dédiée aux martyrs chrétiens Jean et Paul du IVe siècle.
L'édification de la première église Santi Giovanni e Paolo, sur un site chrétien utilisé comme Domus ecclesiae au IIe siècle, commence en 398 sur la demande du sénateur byzantin Pammaque (poursuivi par ses fils) qui la dédie aux martyrs chrétiens Jean et Paul, soldats romains exécutés sous l'empereur Julien le 26 juin 362.
Elle est vandalisée lors du sac de Rome par le Wisigoth Alaric Ier en 410 et gravement endommagée par le tremblement de terre de 442. L'église reçoit le titre de Titulus Pammachii lors du synode tenu par le pape Symmaque en 499. Le pape Pascal Ier la restaure en 824 mais elle est mis à sac à nouveau par les Normands en 1024. Suite à ce dernier ravage, elle est entièrement restructurée par le pape Pascal II avec l'adjonction d'un monastère et d'un important campanile attenants. En 1715, le cardinal Fabrizio Paolucci réaménage le promontoire du côté du chevet de la basilique et en 1951, le cardinal Francis Joseph Spellman redonne son apparence d'origine la façade paléochrétienne.
La basilique est depuis le siège de la Congrégation de la Passion de Jésus-Christ et est le lieu de sépulture de son fondateur Paul de la Croix.
Elle est le siège du titre cardinalice Saint-Jean-Saint-Paul institué en 494 et traditionnellement attribué à l'archevêque de New York depuis 1946.
Au fond de la nef se trouve l'entrée vers les espaces souterrains de la basilique découverts en 1887 par le Père Germano da Sao Stanislao, recteur de la basilique, qui cherchait le tombeau des martyrs Jean et Paul. On trouva ainsi une vingtaine de fresques réparties en un grand nombre de pièces appartenant à au moins cinq immeubles différents datant du Ier siècle au IVe siècle, qui forment l'un des plus importants complexes d'habitations romaines et de domus ecclesiae (avec celui de Doura Europos) parvenus jusqu'à nous.
L'ensemble de fresques est des plus saisissants. Une cour-nymphée montre une peinture murale représentant Proserpine entourée de putti à bord d'une embarcation, avec des traces d'une autre scène marine et de mosaïques sous les arcs des fenêtres. Plus tard, entre les IIIe et IVe siècles est créé une sorte d'oratoire qui présente des scènes à thèmes chrétiens ou décoratifs, parmi lesquels des génies ailés, des couronnes, des oiseaux. Puis une confession vient se greffer sur l'ensemble vers la fin de ces années-là, en bordure du Clivus Scauri, avec des sujets chrétiens et des scènes de martyres : décollations des saints Crispe, Crispinien et Bénédicte, en plus de figures féminines et de celle d'un orant.