Sur la lointaine planète Denev, d'étranges évènements font rétrograder l'espèce humaine en « hommes-singes ». Peterson, l'un des meilleurs agents du Gouvernement Intersidéral envoyé pour enquêter, revient transformé en animal. Le capitaine Flam et son équipage sont aussitôt contactés. Ils découvrent rapidement que ces méfaits ont un lien avec un mystérieux individu auto-proclamé Empereur de l'Espace...
Le gravium est un métal très rare mais indispensable pour contrôler la pesanteur. Il permet ainsi aux hommes de voyager aisément dans l'espace. Il n'existe que cinq gisements dans tout l'univers. Le capitaine Flam réussira-t-il à s'opposer au plan machiavélique de Wrackar, qui détruit une à une toutes ces précieuses mines ? Une fois de plus, le sort de l'univers est entre ses mains...
Le capitaine Flam reçoit un étrange message d'un vieil homme demandant du secours à des hommes du futur. Avec son équipage, il entreprend de remonter plus de cent millions d'années dans le temps à la recherche de la planète Katan, aujourd'hui disparue. Mais au moment d'arriver, le Cyberlab heurte un météore qui endommage gravement la machine à remonter le temps...
La petite planète Laguna doit être évacuée d'urgence, car ses réserves d'oxygène s'épuisent dangereusement. Ce n'est pas la première fois qu'un tel phénomène se présente. Pour résoudre ce fâcheux problème, le Capitaine Flam part à la recherche du Créateur Universel, un instrument qui permettrait la maîtrise et le contrôle de n'importe quelle matière. Flam demande au professeur Simon de modifier le Cyberlab pour visiter la très lointaine constellation du Sagittaire qui, selon la légende, abriterait cette merveille...
L'un des plus dangereux criminels de l'univers vient de s'échapper d'une prison intersidérale. Il s'agit de Kahlon, un être d'une grande intelligence, par ailleurs fils de l'assassin des parents du capitaine Flam. Ce dernier met donc un point d'honneur à le capturer. Il apprend que Kahlon a découvert un univers parallèle dans lequel il voyage grâce à un étrange vaisseau fabriqué par un scientifique aujourd'hui décédé. Ne sachant où chercher son ennemi, Flam et son équipage se rendent sur la planète Ariel où travaillait ce savant...
Au musée de la Galaxie, un archéologue revenant d'une expédition sur la planète Alveola examine l'une des sept Pierres de l'Espace. Une légende raconte qu'une fois rassemblées, ces pierres révèleront le secret de l'Univers Parallèle. Tandis qu'il assiste à une représentation du Cirque Galactique, le capitaine Flam retrouve son vieil ennemi Kahlon, toujours vivant. Une course s'engage entre les deux hommes pour récupérer les pierres et tenter de décrypter leur étrange secret...
Une gigantesque planète noire s'approche du système solaire et menace la Terre. Un certain professeur Zaro propose de mettre sa technologie au service des Terriens pour empêcher la catastrophe, en échange d'une nomination au plus haut poste du Gouvernement Intersidéral. Le capitaine Flam et son équipage sont chargés d'enquêter sur cet individu et de retrouver les plus grands astronomes de la galaxie qui ont curieusement tous disparu à l'annonce du phénomène...
Sur Terre, un vaisseau s'apprête à décoller dans le plus grand secret. À son bord, de dangereux criminels qui doivent être conduits dans une prison secrète très éloignée. Le capitaine Flam, ayant eu vent de ce départ, décide avec son équipage de prendre part à cette dangereuse mission. En effet, il flaire une mutinerie de la part des prisonniers et veut être sur place pour intervenir au plus vite en cas d'urgence. Mais, malgré toutes ces précautions, les prisonniers parviennent à se libérer...
Un appel est lancé pour trouver un sosie du capitaine Flam, afin de tourner un film sur sa vie et ses actions. Mais il soupçonne le producteur du film de se servir de ce prétexte dans le but de se rendre sur une planète riche en mines de diamants. Il convoiterait la concession de ces mines contre la volonté des habitants qui refusent toute intrusion étrangère. Le capitaine Flam parvient à se faire embaucher pour jouer son propre rôle à l'insu de l'équipe de tournage...
Entre Jupiter et Uranus, près de 22 vaisseaux ont mystérieusement disparu. De plus, il ne subsiste aucune trace et aucun indice sur leurs trajectoires. Le capitaine Flam et son équipage partent donc pour Jupiter. En chemin, ils croisent la comète de Halley qui n'apparaît que tous les 75 ans. Après constatations et déductions, ils envisagent toutes les hypothèses possibles quand, soudain, ils sont attirés par la comète. Ils découvrent à l'intérieur tout un monde dans lequel ils sont retenus prisonniers...
Un certain Empereur de l'Immortalité détient une eau magique qui garantit la vie et la jeunesse éternelle. Il envoie des pourvoyeurs sur toutes les planètes pour y vendre à prix d'or son élixir. Mais la prise de cette eau doit être continue sinon le manque provoque la mort. Le capitaine Flam est chargé de le retrouver pour mettre un terme à cet odieux trafic. En compagnie de Mala, il se fait passer pour un riche milliardaire qui cherche à rajeunir...
Le capitaine Flam est sollicité pour venir en aide aux habitants de la planète Tarust, située dans un univers parallèle. Bien qu'ayant connu dans des temps anciens un essor considérable, elle subit aujourd'hui une régression générale. De plus, ses habitants sont menacés par d'étranges ennemis, les « Semeurs de givre ». Le capitaine Flam accepte de partir pour Tarust et se fait passer pour Kafoul, un héros légendaire qui lui ressemble beaucoup...
Pour ce dernier voyage, le capitaine Flam et son équipage se rendent sur Titania, une des anciennes colonies de Aar. Accompagnés d'un éminent professeur, ils réalisent des fouilles sur une très ancienne civilisation aujourd'hui disparue. Ils découvrent une pierre contenant un message codé qui révèle la « Caverne de vie », un laboratoire permettant de maîtriser l'évolution des espèces. Mais ces recherches dérangent les créatures de Titania et celles-ci menacent d'attaquer le campement...
Il s'agit d'un épisode hors série de 45 minutes découpé en deux parties. Il est disponible en DVD en France, bien qu'il n'ait pas été diffusé dans le cadre de la série lors de sa sortie originale. De ce fait, les acteurs qui doublent la version française ne sont pas les mêmes que ceux de la série télévisée.
Des vaisseaux disparaissent mystérieusement dans l'espace. Le capitaine Flam se fait passer pour un jeune pilote afin d'enquêter sur cet étrange phénomène. Il découvre alors qu'un grand complot se prépare, menaçant tout le système solaire.