Deux ingénieurs, Jérome Créteaux et Patrick Gueule, ont obtenu le Prix Voltaire 2005 distribué par les Big Brother Awards pour avoir démontré que les informations de la Carte Vitale étaient codées, mais non chiffrées. Autrement dit, le logiciel de cryptographie n'a pas été activé (pour des raisons d'économie) : les données sont donc en clair. Ils ont ainsi montré qu’il était possible d’avoir accès aux données confidentielles présentes dans la carte et de créer des cartes « compatibles » acceptées par les professionnels de santé tout en modifiant lesdites données confidentielles. L'ayant signalé au GIE-Carte Vitale, la seule réponse du dit organisme fut de poursuivre Jérôme Créteaux pour fabrication de fausse carte et escroquerie en bande organisée parce qu’il avait démontré la viabilité de sa « carte compatible » en se faisant remettre des médicaments dans une pharmacie.
Certains retraités européens installés en France se sont vu retirer leur carte vitale, le 30 septembre 2007, pour des raisons administratives. D'après la CPAM des Hautes-Pyrénées : «Conformément au décret du 21 mars 2007,» en application d'une directive européenne de 2004, «tout résident communautaire non actif se trouvant sur notre territoire et ne pouvant bénéficier ou continuer de bénéficier des droits européens sur présentation de formulaires tels que E 106 ou E 121 ne peut bénéficier de la Sécurité sociale mais doit contracter une assurance privée. En conséquence, vous voudrez bien nous retourner vos cartes Vitale.»
Les organismes mutualistes voudraient dans les récentes discussions avec l'état (PFLSS) avoir accès aux données gérées par la carte vitale dans un but statistique notamment depuis la gestion de plus en plus comptable de la santé (médicament -vignette-MAD-LPP, soins médicaux-CCAM-T2A, dosage biologique-TNB ...).