En 1554, Michel, dernier comte de Gruyère, très endetté, ne pouvait plus soutenir le train de sa petite cour comtale et dut céder sa seigneurie à la ville de Fribourg, dont la puissance augmentait. Dès lors, la Valsainte passa sous la domination de celle-ci. Ce fut pour les chartreux, habitués à l'autonomie relative que procurait leur statut féodal antérieur, le début de troubles concernant l'administration de leurs biens temporels.
Depuis sa fondation, Fribourg, affranchie des servitudes féodales, avait eu l'habitude de gérer collectivement, ou tout au moins de contrôler étroitement l'administration des biens temporels civils et ecclésiastiques des institutions qui en dépendaient. Cette gestion lui permit de canaliser l'argent de la piété à des fins caritatives et sociales et d'échapper aux abus de la piété eucharistique de la fin du Moyen Âge (multiplication des messes et trafics des indulgences monnayées). Cette gestion, tout comme l'absence d'un évêque résidant, contribua à la préserver de la Réforme protestante, ne donnant pas prise aux critiques des réformateurs contre l'Eglise romaine.
Dans ce contexte, lors de la Réforme protestante, l'évêque de Lausanne, chassé de sa ville, se réfugia à Fribourg. Le pape demanda à la ville de Fribourg de lui procurer des ressources. Prétextant être sans revenus suffisants, le Conseil de Fribourg suggéra que fut supprimée une des deux chartreuses établie dans le canton pour en faire passer les biens et revenus à la mense épiscopale. Pendant deux siècles Rome refusa cette solution et le gouvernement fribourgeois s'évertua à contrôler étroitement la gestion temporelle des chartreuses sises sur son territoire.
Au XVIIe siècle, la bonne gestion des domaines permettait aux chartreux d'entretenir 14 religieux. En 1729, ils restaurèrent l'église, tant à l'extérieur qu'à l'intérieur, et c'est alors qu'on construisit la façade qui subsiste encore aujourd'hui (Cf., Fronton de l'église, Soli Deo...). Malheureusement, un incendie ravagea en 1732 le toit de l'église et les locaux communautaires. Les frais considérables occasionnés par le sinistre obligèrent, malgré les secours reçus des autres maisons de l'Ordre, la communauté à réduire ses effectifs qui ne dépassèrent plus 10 unités jusqu'à sa suppression.
En 1778, le Saint-Siège finit par accorder au gouvernement fribourgeois l'autorisation de supprimer à sa convenance soit la chartreuse de la Valsainte, soit celle de la Part-Dieu, et d'en unir les revenus à la mense épiscopale, de façon à entretenir l'évêque de Lausanne dont il avait la charge.
Lors de la lecture de la bulle de suppression, le prieur de La Valsainte demanda que l'on reconnut officiellement que cette mesure n'était pas due au relâchement de la discipline monastique. La suppression fut donc attribuée "aux malheurs des temps et aux dures nécessités des circonstances".
Depuis plusieurs décennies, des fissures et des effondrements partiels avaient rendu les moines attentifs à la fragilité structurelle de la partie sud de leur monastère. Les anciens pères, présents au moment de la construction, avaient transmis la mémoire de constructions hâtives, sur un terrain accidenté, nivelé par des remblais insuffisamment stabilisés. En 2000, à la suite de l'effondrement d'un pan du mur sud de la clôture et de fissures importantes dans la rangée de cellules inférieures, on dut se rendre à l'évidence : les bâtiments construits entre 1890 et 1902 étaient minés par les eaux de ruissellement ; quatorze des vingt-trois cellules, édifiées depuis la fin du XIXe siècle, devaient être démolies (cellules AA-MM, plus les cellules N et O du cloître intermédiaire).
Il s'agissait d'une rangée de cellules, appelée "cloître du noviciat" parce qu'elle abritait les cellules des religieux en formation, novices et profès temporaires, ainsi qu'un petit ensemble appelé "Noviciat" situé près de la route d'accès, comprenant la cellule du maître des novices, flanquée d'une chapelle et d'une petite bibliothèque à l'usage des novices. Ce "noviciat" avait été restructuré dans les années 60 par le Père Maître des novices de l'époque, dom Claude Besson. Transformant la cellule originale du maître des novices en bibliothèque, il installa le cubiculum et l'Ave Maria (voir article Chartreux : architecture) dans la partie sud de la chapelle pour leur faire bénéficier d'une orientation différente (fenêtre vers le sud au lieu d'être orientée vers l'ouest comme toutes celles de la rangée). Le mur nord de la chapelle fut recouvert de galets du Javroz (torrent voisin coulant au fond de la vallée) ; l'autel en T fut réédifié contre le mur dans le même matériau, surmonté d'un beau crucifix de bois. Le sol et les autres parois furent recouverts d'un plancher ciré, et habillés des meubles usuels menuisés sur place. À l'époque, le groupe du noviciat était encore nombreux, et la chapelle servait de salle de chapitre pour l'unique conférence hebdomadaire du maître des novices et le chapitre des coulpes des novices. Le maître des novices cessa d'habiter le "Noviciat" au début des années quatre-vingt dix.
De cet ensemble de cellules, il ne reste aujourd'hui plus que le souvenir et un marquage au sol, prévu par l'aménagement paysager de l'espace restructuré. Les travaux de "déconstruction" des cellules, de drainage du sous-sol de tout le monastère, et de traitement des eaux usées, achevés le 9 septembre 2008, ont coûté 7,5 millions de francs suisses, financés pour l'essentiel par des subventions publiques et des dons privés.