Du XVIe au XIXe siècle, le domaine de Marignan a connu trois siècles marqués par de nombreux changements de propriétaires, mais, en revanche, par une continuité profonde dans son type d’exploitation.
Les propriétaires du domaine se renouvellent au gré des ventes et des héritages, mais il s’agit presque toujours de riches familles genevoises.
Les héritiers du premier acquéreur (un noble genevois du nom de Baudichon de Maison Neuve) revendent le domaine en 1580, au noble Bernard d’Allinges, moyennant la somme de 160 000 livres genevoises. Celui-ci l’offre en dot à sa fille et Marignan devient ainsi, en 1601, la possession des Budé, importante famille calviniste genevoise, descendante du fameux humaniste Guillaume Budé.
En 1747, un siècle et demi plus tard, Isaac Budé vend le domaine à Jean Charmot. Il échoira ensuite aux Bernaz puis aux Turretini, riche famille de banquiers italiens implantés à Genève.
Pour ses propriétaires successifs, Marignan n’est qu’un lieu de résidence secondaire et, surtout, une source de revenu, l’exploitation agricole effective étant entre les mains d’un fermier.
En 1873, les derniers propriétaires vendent l’ensemble de la propriété à divers agriculteurs, pour un total de 90 000 francs-or.
L’exploitation est marquée par la continuité. D’après Mgr Piccard, premier historien de Sciez, «la famille Cholly demeura pendant 250 ans fermière de la Tour de Marignan».
La stabilité des fermiers est donc plus forte que celle des propriétaires et, au fil des ans, l’exploitation est conduite dans un système de polyculture basé sur l’élevage, la culture des céréales et la viticulture.