Selon ITIS:
Sous-ordres selon ITIS et familles selon MSW.
Les deux sous-ordres et familles de chiroptères sont :
Les études génétiques récentes montrent que la position réelle des chiroptères dans l'arbre phylogénétique est différente de la position classique. Les primates et les dermoptères, autrefois pensés comme proches parents, en sont en fait assez éloignés.
Conception ancienne | Conception récente |
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| ─o ├─o Euarchontoglires │ ├─o Anagalides dont les rongeurs │ └─o Euarchonta │ ├─o Scandentia │ └─o │ ├─o Dermoptera │ └─o Primates └─o ├─o Insectivora └─o Scrotifera ├─o Chiroptera └─o ├─o Cetartiodactyla └─o ├─o Perissodactyla └─o ├─o Pholidota └─o Carnivora |
La plus ancienne chauve-souris connue a été trouvée fin 2007 dans le Wyoming, elle a été baptisée Onychonycteris finneyi.
Les restes fossilisés et quasicomplets ont été datés de 50 millions d'années. Ses membres supérieurs indiquent que l'animal pratiquait le vol battu, ses membres inférieurs indiquent qu'il était un grimpeur agile, capable de marcher à quatre pattes au sol et de se suspendre à l'aide de ses puissantes griffes. Sa denture indique qu'il consommait de préférence des insectes mais l'organisation de son oreille interne montre qu'il ne disposait pas de l'écholocation, technique aujourd'hui répandue chez toutes les chauve-souris et qui consiste à émettre des ultrasons pour éviter les obstacles et localiser les proies.
Cette découverte clôt un débat scientifique, datant des années 1960, sur la nécessité ou non de l'écholocation comme condition préalable à l'apparition du vol chez les chiroptères.
L'histoire évolutive des chauve-souris est assez mal connue. Selon la théorie classique, les deux sous-ordres descendent d'un ancêtre commun, déjà capable de voler et d'écholocation. Ces groupent auraient divergé il y a 50 Ma. On a découvert des fossiles de Ptéropodidés datés d'au moins du milieu de l'Oligocène. Cependant, dans les années 1980 et 1990, une autre hypothèse, considérant que les Megachiroptera était en fait un groupe proche des primates, plus précisément des lémuriens en effet les tarsiers ressemblent beaucoup aux mégachiroptères. Dans cette hypothèse, le vol et l'écholocation serait une simple convergence évolutive. D'ailleurs, au XVIIIe siècle, Georges-Louis Leclerc de Buffon ne considérait pas que ces animaux était des chauve-souris à part entière. Cette hypothèse est démentie par les analyses phylogénétiques récentes, qui indiquent une plus longue histoire commune avec le clade des microchiroptères que l'hypothèse primate ne le permet.
D'autres études ont récemment suggéré que certaines familles de microchiroptères frugivores comme les Rhinolophidae, les Rhinopomatidae et les Megadermatidae pourraient être plus proches de ce groupe que de celui des microchiroptères.