Un Conseil académique de l'éducation nationale (CAEN) chargé de formuler des avis dans le domaine de l'éducation existe depuis 1808 dans chaque académie française. Dans certains cas, il peut avoir un rôle disciplinaire ou contentieux.
Les conseils académiques font l'objet du Titre X du décret du 17 mars 1808 organisant l'Université.
Les conseils académiques sont alors présidés par le recteur. Les dix autres membres sont des officiers ou fonctionnaires de l'Université, choisis par le grand-maître de l'Université.
Les conseils ont alors une mission générale de surveillance des établissements scolaires de l'académie, ils doivent en particulier traiter des « abus qui pourraient s'y introduire ». Ils doivent aussi vérifier la comptabilité des établissements scolaires. Ils peuvent traiter des affaires contentieuses et donner leur avis dans les sanctions disciplinaires à infliger aux membres de l'Université, mais la décision finale revient au grand-maître.
Les procès-verbaux de leurs réunions sont transmis au grand-maître et discutés par le Conseil de l'Université.
La Restauration se montre méfiante vis-à-vis des institutions créées par la Révolution et l'Empire ; elle conserve néanmoins l'organisation mise en place par Napoléon. Toutefois, les effectifs des conseils sont réduits et le clergé catholique y fait son entrée.
La loi Falloux du 15 mars 1850 établit une académie par département et instaure donc autant de conseils académiques qu'il y a de départements.
Le conseil reste présidé par le recteur, mais il s'élargit avec l'arrivée du préfet et de deux magistrats, représentant le siège et le parquet. Le poids des autorités religieuses est plus important puisque, outre l'évêque ou l'archevêque, le conseil comprend un ecclésiastique et, suivant les départements, des représentants des autres cultes reconnus. Enfin, les élus locaux sont introduits dans le conseil, avec la présence de quatre délégués du conseil général. Les doyens des facultés peuvent également donner leur avis, mais uniquement pour les questions concernant leur faculté.
Les attributions du conseil changent peu. Toutefois, le conseil est chargé de résoudre les cas d'opposition à l'ouverture des écoles libres, de manière définitive pour le primaire, et sur recours devant le conseil supérieur de l'instruction publique pour le secondaire.
La loi du 15 juin 1854 met fin au système de l'académie départementale et recrée des académies comprenant plusieurs départements. Le conseil académique est à nouveau installé à l'échelon interdépartemental, tandis que la loi instaure des conseils départementaux de l'instruction publique.
Dès lors, l'article 3 fixe une nouvelle composition au conseil académique, qui reste présidé par le recteur. Il comprend en outre les inspecteurs d'académies placés dans chaque département, les doyens des facultés, qui retrouvent voix délibérative, quel que soit le sujet abordé. Le ministre de l'Instruction publique nomme les autres membres pour trois ans, parmi lesquels trois ministres du culte dont un évêque, deux magistrats et deux autres personnalités. Les élus locaux ne sont à nouveau pas représentés dans ces conseils (alors qu'ils le sont toujours dans les conseils départementaux).
L'existence de ces conseils départementaux conduit les conseils académiques à s'intéresser surtout aux questions d'ordre général relatives à l'enseignement dans l'académie, la situation précise des maîtres et des établissements étant laissée à l'échelon départemental.
Le décret du 26 juin 1880 fixe les règles relatives aux conseils académiques. Le principal changement apporté à cette époque tient à la laïcisation progressive de l'enseignement. Les représentants du clergé sont exclus des conseils académiques.
La réforme des conseils académiques en 1985 (décret no 85-895 du 21 août 1985) tient compte du mouvement de décentralisation, notamment en matière d'enseignement, ainsi que de la volonté d'impliquer les usagers du système scolaire.
La nouvelle composition des conseils prévoit la parité entre les représentants du personnel de l'Éducation nationale, les élus locaux et les représentants des usagers. Les recteurs perdent la présidence des conseils académique, qui est attribuée conjointement au préfet de région et au président du Conseil régional, le recteur demeurant l'un des vice-présidents. Le collège des élus locaux comprend des représentants de la région, des départements, des communes et des établissements publics de coopération intercommunale. Quant aux usagers, ils comprennent des représentants des associations de parents d'élèves, ainsi que des syndicats d'employeurs et de salariés.
La réforme de 1991 (décret no 91-107 du 25 janvier 1991), élargissant la compétence des conseils à l'enseignement supérieur, en tient compte dans la composition. Désormais, les enseignants d'universités ainsi que les étudiants sont représentés dans les conseils académiques. Un autre décret du même jour supprime les conseils des académies de Créteil et de Versailles au profit d'un conseil interacadémique pour toute l'Île-de-France.
L'ordonnance no 2007-1801 du 21 décembre 2007 institue un conseil à Mayotte.