Le concept du jeu a été imaginé par Warren Spector en 1994, sur le principe « No monsters. No magic. All action. » (Ni monstres, ni magie, que de l'action). À l'époque, Warren Spector est effectivement fatigué des univers de fantasy et de science-fiction et désire se concentrer sur un univers plus proche du monde réel. Parallèlement, John Romero fonde Ion Storm en 1996 et se lance dans un ambitieux projet, Daïkatana, dont le développement durera cinq ans pour finalement être un échec aussi bien commercial que critique. En 1997, Romero propose à Warren Spector de rejoindre Ion Storm et lui offre la possibilité de créer le jeu de ses rêves. Warren Spector accepte et fonde une division de Ion Storm à Austin, Ion Storm Austin, accompagnés par une demi-douzaine de collègues de l'ancien studio où il travaillait, Looking Glass Technologies. En septembre 1997, Warren Spector et son équipe dressent une première ébauche de Deus Ex et Eidos Interactive accepte de financer le projet.
Doté d'un budget de 500 000 $, le développement débute en 1995 pour s'achever à noël 1998 ; Deus Ex sort finalement en 2000.
Personne n'attend vraiment Deus Ex, c'est un jeu sans précédent dans l'histoire du jeu de tir. Lorsque Deus Ex sort, Ion Storm souffre d'une mauvaise image à cause du développement catastrophique de Daïkatana. Le lancement n'est pas spectaculaire, mais petit à petit, les joueurs remarquent les qualités de Deus Ex, et le jeu commence à recevoir quelques prix et à retenir l'attention.
Deus Ex est originellement conçu pour être un jeu uniquement solo. Les sauvegardes du jeu sont des fichiers assez volumineux (8-10 Mo) et les seules sauvegardes automatiques prenaient 250 Mo à fin du jeu, ce qui posait des problèmes lors de la sortie du jeu en 2000, les disques durs haute capacités n'étant pas encore développés. De plus, cette taille a obligé les joueurs PlayStation 2 à se limiter à quelques sauvegardes par niveaux ou à augmenter la capacité de leur carte mémoire. La taille significative des sauvegardes laisse à penser que l'intégralité du niveau est sauvegardé pour laisser en place toutes les modifications faites par le joueur sur celui-ci.
Le gameplay et l'ambiance générale du jeu lui vaut d'être souvent considéré comme le descendant de System Shock (1994), un jeu dont Deus Ex s'est inspiré et sur lequel avait déjà travaillé Warren Spector.
Deus Ex a été réédité plusieurs fois depuis sa première parution en 2000. La version originale se compose d'un CD-rom (sous boîtier cristal) et d'un manuel de 20 pages conditionnés dans une boîte cartonnée.
La version Deluxe ou Deus Ex: Game of the Year Edition, en plus de contenir les derniers patchs du jeu et un éditeur de niveau (UnrealEd), inclut un CD musical de la bande son du jeu et une page d'un journal fictionnel intitulé The Midnight Sun relatant les différents évènements dans l'univers du jeu de Deus Ex. Cependant, certaines versions GOTY (Game Of The Year) ne disposent pas du CD audio et ont seulement une version PDF du journal.
La version Macintosh du jeu, sortie juste après la version PC, possède les mêmes fonctionnalités et peut aussi être patchée pour recevoir le mode multijoueur. Cependant, l'éditeur Aspyr Media n'a pas jugé utile de continuer à publier des versions mises à jour du jeu et pour y jouer sur Mac, il faudra Mac OS 9 ou un environnement "classique" sur Mac OS X, ni l'un ni l'autre n'étant compatible avec les versions basés sur un processeur Intel.
De plus, Loki Software a travaillé sur un portage pour Linux mais l'entreprise a fermé avant l'achèvement du projet.
Un portage du jeu renommé pour l'occasion Deus Ex: The Conspiracy, a également été publié sur PlayStation 2 en mars 2002, avec quelques amélioration notables dont un meilleur rendu des cinématiques vidéos remplaçant avantageusement les scènes d'introduction et de fin. Il comprend également de nouvelles textures et des animations en motion capture améliorées pour les modèles 3D. Enfin certains niveaux ont été divisés en de plus petites sections, ce qui oblige le joueur à plusieurs chargement supplémentaires dus aux limitations mémoire de la PS2. Enfin, la version PS2 n'offre pas de mode multijoueur.
Le logo du jeu a lui aussi été modifié laissant apparaître plus clairement les deux lettres D et X.
Le 29 mars 2007, Valve Software annonce que Deus Ex et sa suite devrait être disponible à l'achat sur leur plate-forme Steam parmi d'autres jeux Eidos.
Le développement de Deus Ex a duré environ 34 mois, 6 mois de pré-production et 28 mois de production, avec une équipe d'environ 20 personnes. Les logiciels utilisés furent Visual Studio, LightWave 3D, Lotus Notes, ConEdit (logiciel propriétaire) et UnrealEd.
Deus Ex a également reçu un doublage important, parmi les doubleurs :