Le jeu a reçu un très bon accueil de la presse et des joueurs. Au total, le jeu s'est vendu à un million d'exemplaires.
La presse a été assez dithyrambique à la sortie du jeu. Metacritic relève une note moyenne de 90% avec 7 notes maximales. En France c'est à peu près la même chose, Gen4 le note 6/6, Joystick 97%, PC Jeux 95%, Gamekult.com 9/10, PC Fun 18/20 ou encore JeuxVideo.com 18/20. « Dur, dur de trouver un défaut à l'ami Deus Ex ».
Gamekult.com va jusqu'à résumer le test par un simple « génial » : « Génial. Deus Ex repousse les limites actuelles du jeu de rôles pour atteindre un niveau de liberté et d'interactivité jusque-là inespéré. […] Deus Ex assure de nombreuses heures de bonheur grâce notamment aux multiples éventails d'actions possibles. »
Dans les détails de ce qui a plu aux critiques, on notera:
La liberté d'action laissée au joueur est sans doute ce qui fait le plus l'unanimité, le jeu y tire d'ailleurs son côté révolutionnaire. « Warren Spector a renouvelé le genre FPS avec Deus Ex. ».
Deus Ex n'est pas parfait, certains testeurs ont noté quelques faiblesses du gameplay : GameSpot a été déçu par la facilité de contournement de la sécurité (crochetage et digicodes) arguant que « ces actions n'apportent rien au jeu, le joueur se contentant de dépenser une quantité de matériel acquis ». De son côté, PC Jeux a déploré l'impossibilité de déplacer un corps qui possède encore des objets sur lui : lorsque son inventaire est plein, cela nécessite au joueur une opération fastidieuse qui consiste à libérer quelques cases de son inventaire, à ramasser tout l'équipement sur le corps puis à le déplacer ce qui n'est pas très pratique lorsque « une demi-douzaine d'ennemis rôdent dans les parages ! »
Si l'intelligence artificielle a été jugée assez réaliste dans l'ensemble, certains ont trouvé que quelques réactions « laissaient à désirer » notamment dans les situations de panique où les personnages tournent en rond sans véritable but ou se bloquent dans des murs.
Certains ont également noté quelques faiblesse dans la qualité graphique : « rien de transcendant », le jeu présentant « incessamment des environnement industriels sombres ».
La bande sonore de Deus Ex a été très appréciée aux États-Unis pour l'atmosphère qu'elle faisait régner dans le jeu, en France, elle a été plus ou moins félicitée, certains critiques considérant qu'elle collait très bien à l'ambiance, d'autres que les musiques ou/et les bruitages étaient un peu « faiblards ».
Enfin l'absence du mode multijoueur a été pointé du doigt, en attendant la mise à jour, sortie que plus tard.
Deus Ex a remporté plusieurs récompenses incluant le BAFTA Game of the Year, l'IGN Game of the year, et beaucoup de prix pour son scénario. Pour ne citer que les plus importantes :