La diarrhée du voyageur est d'origine infectieuse. Elle est le plus souvent d'origine bactérienne, parfois virale et beaucoup plus rarement parasitaire.
Elle est d'origine bactérienne dans environ 80% des cas :
L'origine est virale dans environ 10 à 20% des cas : Rotavirus, Virus de Norwalk, Adénovirus, Astrovirus, Entérovirus.
Plus rarement sa cause est parasitaire : Giardia intestinalis (3%), agent de la lambliase, Entamoeba histolytica (1%), agent de la dysenterie amibienne ou amibiase, Cryptosporidium parvum, agent de la cryptosporidiose, Cyclospora sp. agent de la cyclosporose