L'intérieur
Le plan est en forme de croix latine et comporte trois nefs séparées entre elles par deux rangées de six grosses colonnes.
La nef principale comporte un chœur, situé avant la croisé du transept, délimité par deux orgues du XVIIIe siècleet constitué de cent vingt-quatre stalles de bois du sculpteur Marco Cozzi, datant de 1468. L'église est la seule à Venise à avoir conservé son jubé.
Le transept franchi et dans l'axe, s'ouvre la Chapelle Majeure de l'abside centrale, flanquée de trois absidioles de chaque côté. À l'extrémité gauche du transept se trouvent la chapelle Corner ou San Marco et, à l'extrémité droite, la sacristie.
Les œuvres d'art
- Giovanni Bellini (La Vierge et l'Enfant Jésus avec les saints Nicolas de Bari, Pierre, Marc et Benoît - dans la sacristie)
- Jubé (1475) de Bartolomeo Bon et Pietro Lombardi
- Antonio e Paolo Bregno (tombe du Doge Francesco Foscari, attribution ; peut-être une œuvre de Niccolò di Giovanni Fiorentino)
- Lorenzo Bregno (tombe de Benedetto Pesaro près de l'entrée de la sacristie ; tombe d'Alvise Pasqualino dans la paroi ouest)
- Girolamo Campagna (statues de saint Antoine de Padoue et de sainte Agnès dans la nef)
- Marco Cozzi (stalles du chœur)
- Donatello (statue de saint Jean-Baptiste dans la Chapelle des Florentins, la première à droite ; il s'agit de la première œuvre vénitienne attestée de Donatello)
- Tullio Lombardo (tombe de Pietro Bernardo dans la paroi ouest (attribution ; peut-être une œuvre de Giovanni Buora)
- Antonio Rizzo (tombe du Doge Niccolò Tron dans le chœur)
- Jacopo Sansovino (statue abîmée de saint Jean-Baptiste sur les fonts baptismaux dans la chapelle Corner)
- Titien (L'Assomption 1516, le retable de l'autel principal, le plus important de Venise ; Madone de Ca' Pesaro sur la paroi nord de la nef)
- Paolo Veneziano (Le Doge Francesco Dandolo et son épouse présentés à la Vierge par les saints François et Elisabeth de Hongrie dans la sacristie)
- Alessandro Vittoria (statue de saint Jérôme sur le mur méridional de la nef)
- Alvise Vivarini (Le Retable de saint Amboise dans la troisième chapelle à gauche du maître autel, la chapelle des Milanais ; il s'agit de l'œuvre ultime de l'artiste)
- Bartolomeo Vivarini (Le Triptyque de saint Marc (1474) dans la chapelle Corner ; Vierge et Enfant avec des saints, polyptyque de 1482 dans la troisième chapelle du chœur sud)
- Giuseppe Nogari (Saint Joseph de Copertino en extase - dans la nef)
- Giuseppe Porta (Présentation de Jésus au temple - dans la nef)
- Niccolò Bambini (Le Massacre des Innocents - bras gauche du transept)
Monuments funéraires
- Le sénateur Pietro Bernardo († 1538)
- Le sculpteur Antonio Canova († 1822 - seul son cœur repose ici, dans une tombe en forme de pyramide réalisée par les élèves de Canova, d'après un dessin du maître pour la tombe de Titien jamais réalisée)
- Le Doge Francesco Dandolo (dans la salle capitulaire)
- Le Doge Francesco Foscari († 1457)
- Le capitaine de vaisseau Jacopo Marcello, commandant de la flotte vénitienne, mort à Gallipoli le 31 mars 1488, œuvre de Pietro Lombardo.
- Le compositeur Claudio Monteverdi († 1643)
- Le Bienheureux Pacifico dei Frari (fondateur de l'église actuelle) de 1437.
- Alvise Pasqualino († 1528), Procurateur de Venise
- Le capitaine Benedetto Pesaro († 1503), capitaine général de la flotte vénitienne, mort à Corfou en 1503, monument de Lorenzo et Giambattista Bregno.
- Le Doge Giovanni Pesaro
- L'évêque Jacopo Pesaro († 1547)
- Le condottière Paolo Savelli (le premier monument équestre à Venise)
- Le général Melchiorre Trevisan († 1500)
- Le Doge Niccolò Tron
- Le peintre Titien († 1576)