L'Iran possède un grand réseau d'universités privées et publiques offrant des diplômes d'éducation supérieure. Les universités de l'état sont sous la direction du Ministère des sciences, de la recherche et de la technologie iranien (dans le cas des universités non-médicales), et du Ministère de la santé et de l'éducation médicale (pour les écoles de médecine).
Abbas Mirza fut le premier à envoyer des étudiants iraniens en Europe pour qu'ils y reçoivent une éducation occidentale. Il existait des exemples d'institutions académiques de sciences datant de l'Antiquité, dont des universités telles que la Nizamiyyah et l'Académie de Gundishapur, mais l'établissement d'universités basées sur le modèle occidental commence en 1851 avec la fondation du Darolfonoon. Il fut fondé grâce aux efforts du vizir royal, Mirza Taghi Khan Amir Kabir, qui voulait former des experts iraniens dans de nombreux domaines scientifiques et technologiques.
La construction de la première université iranienne, au sens où on l'entend aujourd'hui, fut proposée en 1928 par le physicien Mahmoud Hessaby. L'Université de Téhéran fut conçue par l'architecte français André Godard et construite en 1934. C'est actuellement la plus grande université iranienne, comptant 32 000 étudiants.
Quant à la médecine, Joseph Cochran fut le premier à fonder une école professionnelle, en 1878. On lui attribue souvent la création de "la première école médicale contemporaine" de l'Iran, ainsi que la fondation de l'un des premiers hôpitaux modernes du pays, Westminster Hospital, à Orumieh. La faculté de médecine que Cochran créa à l'Université d'Orumieh se remplit de plusieurs autres Américains, dont les médecins Wright, Homlz, Van Nourdon et Miller. Ils sont tous enterrés à Orumieh. Samuel M. Jordan (qui laissa son nom à une avenue de Téhéran), est directement responsable de l'expansion de l'École américaine de Téhéran.
Après l'université de Téhéran, d'autres établissements voient le jour dans le pays, et le shah Mohammed Reza Pahlavi initie des projets de construction de plusieurs écoles sur le modèle américain. Ainsi, l'Université de Shiraz (à l'époque appelée l'Université Pahlavi), prend pour modèle l'Université de Pennsylvanie, et l'Université Sharif de technologie sur le Massachusetts Institute of Technology. Certaines universités, dont celle d'Orumieh, furent même fondées par des Américains. La révolution iranienne de 1979 met fin aux collaborations entre l'Iran et les États-Unis.
Le ministère de l'éducation supérieure, qui s'occupe de toutes les institutions d'éducation supérieure en Iran, est fondé en 1967. En 1980, tout le système d'éducation supérieure fut bouleversé par la révolution culturelle iranienne, initiée par l'Ayatollah Rouhollah Khomeini.
En 1986 le ministère de l'éducation supérieure place les écoles de médecine sous la direction du ministère de santé pour optimiser l'usage des ressources médicales dans le pays et pour rendre l'apprentissage et la recherche dans le domaine de la médecine plus efficace.
Après la guerre Iran-Irak, plusieurs universités sont créées, ainsi que des programmes de doctorat dans les anciennes universités. Le nombre d'étudiants à l'université est aujourd'hui six fois plus important qu'en 1979, année de la révolution. Cette augmentation pose le débat de l'utilité de l'examen d'entrée à l'université.