L'Iran est le pays où la fuite de cerveaux est la plus prononcée. La CIA estime que 79,4 % de la population iranienne (de 15 ans et plus) peut lire et écrire. Une grande majorité approche l'âge du début des études supérieures. On estime que presque 150 000 d'entre eux quittent l'Iran chaque année.
Toutefois, le phénomène de la fuite des cerveaux n'est pas une nouveauté en Iran. Peu après la révolution iranienne, tout le système d'études supérieures fut fermé pour plus d'un an et complètement changé. L'Ayatollah Khomeini répondit ainsi aux rapports du début d'une fuite de cerveaux :
« On parle de fuite des cerveaux, laissez fuir sans regret ces cerveaux décadents. Ne les regrettez pas et qu'ils aillent à la recherche des conceptions qui leur plaisent. Chaque cerveau rempli de ce que vous appelez la science est-il honorable? Devons-nous nous lamenter parce qu'un cerveau s'est enfui? Nous inquiéter de ces cerveaux qui ont fui en Angleterre et aux États-Unis? Que ces cerveaux s'enfuient et que des cerveaux corrects prennent la relève. Maintenant qu'on veut faire le tri, vous vous inquiétez parce qu'on exécute des gens? Pourquoi discutez-vous ainsi au sujet des cerveaux décadents de ces êtres en perdition? Pourquoi remettez-vous l'Islam en question? Ces cerveaux s'enfuient? Qu'ils s'enfuient. Qu'ils aillent au diable. Ce n'étaient pas des cerveaux scientifiques. Il vaut mieux qu'ils s'en aillent. Ne les regrettez pas. Ils faut qu'ils partent, qu'ils s'enfuient. Il n'y a plus de place pour eux. Ces cerveaux qui s'enfuient ne nous sont d'aucune utilité. Laissez-les s'enfuir. Si vous considérez que votre place n'est pas ici, enfuyez-vous aussi. »
La fuite des cerveaux continua pendant la guerre Iran-Irak, et immédiatement après il y eut une période de calme relative, rompue par l'incursion des autorités religieuses dans le domaine universitaire, le dernier bastion des réformistes iraniens. En novembre 2005 un religieux devint président de l'université de Téhéran, remplaçant le Docteur Faraji-dana. Hojjatol Eslam Abbasali Amid Zajani ne détient aucun diplôme académique et est connu pour ses liens avec l'Ayatollah Khomeini. C'est la première fois que l'établissement religieux iranien remplace les académiques dans les plus hauts postes d'une institution d'études supérieures. Il a toutefois écrit plusieurs livres et servi d'expert en jurisprudence islamique à la faculté de droit.
La fuite de cerveaux semble s'accélérer, l'exode des iraniens les plus doués se dirigeant vers les pays de l'Europe occidentale, le Canada et les États-Unis. Cette liste des scientifiques iraniens (en anglais) peut attester de cette nouvelle réalité.
La fuite des cerveaux de l'Iran est souvent le sujet d'enquêtes de la part des médias nationaux et étrangers. Certains blâment le marché de travail difficile (déclenché par les sanctions économiques selon certains), tandis que d'autres pointent du doigt une société de plus en plus rigide. En 2006, le président iranien a promis d'éradiquer toutes "les influences libérales et séculaires" des universités.
Un reportage du Washington Prism publié en janvier 2006 affirme que le Fonds monétaire international considère que l'Iran est en tête de la liste des pays en voie de développement qui souffrent de la fuite des cerveaux, et estiment le nombre d'iraniens qui émigrent à 150 000 par an. L'IRNA, pour sa part, l'estime à 200 000.
En dépit de la situation actuelle et de l'isolement technologique et industrielle de l'Iran dû à la politique du dernier quart de siècle, le pays maintient de hauts niveaux d'éducation et de recherche dans ses grandes universités. Les étudiants iraniens continuent à gagner des concours et des tournois techniques de robotique, d'informatique et d'autres domaines scientifiques chaque année, et ils continuent à publier les résultats de leurs recherches dans des publications techniques malgré leurs ressources de plus en plus limitées.
Pour être accepté dans une université, les étudiants doivent passer un examen national d'entrée en université, qui a lieu une fois par an. Environ deux millions de candidats s'y présentent chaque année, mais seulement 100 000 sont acceptés (soit 5%). Il faut être classé dans les 5 000 meilleurs pour étudier dans les meilleures universités (dans les 100 meilleurs pour entrer dans une école de médecine de Téhéran).
La compétition exacerbée crée un climat de tension entre les candidats. Une partie importante des meilleurs étudiants finissent finalement par émigrer en Europe occidentale ou en Amérique du nord après leurs études à cause de l'incapacité de leur pays natal de les faire entrer sur le marché du travail. La majorité des meilleurs enseignants et spécialistes iraniens vivent en dehors de l'Iran pour la même raison. Le Ministère de la culture et de l'enseignement supérieur de l'Iran estime qu'environ 50 000 iraniens étudient à l'étranger.