Les principaux processus d'un entrepôt sont :
- la réception de commande
- la mise en stock
- la préparation de commande
- l'expédition
- la gestion du stock (inventaires, adressage....)
Il est de plus en plus fréquent de confier à l'entrepôt de nouveaux processus à valeur ajoutée tels que :
Ceux-ci permettant de différencier tardivement des produits génériques et ainsi obtenir une réduction importante des coûts.
De même, afin de réduire les coûts de stockage et d'entreposage, l'entrepôt peut assurer la réalisation de cross-docking. On parlera dans ce cas de plateforme de cross docking.
Le système d'information nécessaire à la gestion d'un entrepôt est un SGE (Système de Gestion d'Entrepôt) ou WMS (Warehouse Management System).