Les marais sont particulièrement nombreux et occupent 1/5 de la superficie du département : du nord au sud, se trouvent le Marais Poitevin, les Marais de Rochefort et d'Yves, de la Boutonne, de la Trézence, de Saint-Hippolyte, de Saint-Froult, de Broue et de Brouage, de la Seudre, de la presqu'île d'Arvert et de la rive droite de la Gironde.
C'est dans les marais de de Rochefort, d'Yves et de Brouage que nidifient nombre de cigognes ; le département de la Charente-Maritime compte en effet le plus grand nombre de cigognes en France.
Ces espaces humides succèdent parfois à d'anciens golfes marins aujourd'hui partiellement comblés par les alluvions (marais de la Seudre, de Broue et de Brouage, de Rochefort). Après avoir longtemps été utilisés comme marais salants, certains ont été reconvertis en parcs ostréicoles, tandis que d'autres sont devenus des réserves ornithologiques (réserve du marais d'Yves, marais de Broue et de Brouage, marais de Moëze). Ils sont connus localement sous le nom de « marais gâts » et sont souvent alimentés par de l'eau saumâtre.
Certains espaces humides sont également situés dans les vallées inondables des principaux fleuves, soit en particulier la Sèvre Niortaise, au nord du département, la Charente et ses deux principaux affluents en Charente-Maritime (la Boutonne et la Seugne). C'est dans la vallée de la Charente que les zones inondables prennent le nom local de « prées » , toponyme qui se retrouve dans le nom de la commune de Saint-Laurent-de-la-Prée, en aval de Rochefort. Ce sont des « marais doux » car ils sont alimentés par les eaux des fleuves et des rivières et ont une importance considérable aussi bien pour l'agriculture que pour la conchyliculture, le département étant un grand producteur européen d'huîtres et de moules.
Les deux îles principales possèdent également des marais (Ré et Oléron) dont une partie est exploitée pour la production de sel marin, notamment dans l'île de Ré.
En tout, 110 000 hectares de zones humides occupent le territoire de la Charente-Maritime :
Au-delà de la zone littorale de la Charente-Maritime, le département est composé de plaines doucement ondulées (Aunis, « Pays-bas » de Matha) et de bas plateaux au relief plus vallonné (Saintonge et ses régions naturelles comme les Borderies au nord du fleuve Charente, les Bois saintongeais au sud du fleuve, la Haute-Saintonge, la Double saintongeaise tout au sud du département, appelée également Saintonge boisée).
Le relief du département est dans son ensemble de faible altitude, largement inférieure à 100 mètres pour les plaines littorales et les bas plateaux calcaires ou crayeux de l'arrière-pays charentais. Cependant, cette faible altimétrie ne signifie pas un relief uniformément monotone.
Ainsi, dans le nord-est du département, au contact méridional du Seuil du Poitou, le relief prend un peu d'ampleur. C'est dans cette partie de la Charente-Maritime que se situe le point culminant du département avec ses 173 mètres de hauteur, il s'agit d'un coteau boisé, le "Bois de Chantemerlière", situé sur la commune de Contré.
De même, dans la partie méridionale du département, qui correspond à la Double saintongeaise - ou Saintonge boisée -, l'altitude moyenne avoisine les 100 mètres.