En Charente-Maritime 5 sites sont classés dans le Natura 2000 en mer et 39 dans le réseau réseau Natura 2000. Comme six de ces zones correspondent à 2 sites, il y a donc 33 zones pour 39 sites Natura 2000 dont 19 sont entièrement en Charente-Maritime 7 sont en Charente et en Charente-Maritime, 3 en Deux-Sèvres et en Charente-Maritime, 2 en Gironde et en Charente-Maritime 1 en Dordogne, en Gironde et en Charente-Maritime et 1 en Dordogne, en Gironde, en Charente et en Charente-Maritime.
Ils sont d'une grande diversités, centrés sur un habitat, la mer, un marais, la vallée d'une rivière ou d'un fleuve, des dunes, des coteaux ou encore sur une espèce animale.
Quatre fleuves tributaires de l'océan Atlantique traversent le département :
A ceux-ci, il convient d'en nommer un autre qui est fort peu connu mais qui joue un rôle non négligeable dans la géographie de l'Aunis; ce dernier est le fleuve côtier du Curé dont le cours inférieur est connu sous le nom de Canal du Curé.
Les principaux affluents de la Charente - dans le département de la Charente-Maritime - sont la Boutonne , rive droite, et la Seugne, rive gauche. La Boutonne est le plus long affluent de rive droite de la Charente.
Parmi les autres affluents notables, il faut nommer le Mignon qui est le plus long affluent de rive gauche de la Sèvre niortaise et qui a sa source en Charente-Maritime.
Le département comprend également plusieurs canaux, creusés pour la navigation commerciale, dont :
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