L'INED emploie en 2007 environ 200 personnes, dont 60 chercheurs titulaires, 110 techniciens ou ingénieurs, une vingtaine de doctorants, ainsi que des chercheurs associés.
A l'instar des autres établissements publics de recherche, les chercheurs de l'INED sont hiérarchisés en deux corps, les chargés de recherche et les directeurs de recherche, à leur tour subdivisés en grades (2e classe et 1re classe).
Depuis janvier 2000, l'INED comprend 11 unités de recherches et plusieurs services (enquêtes, bibliothèque et documentation, éditions, informatique). Un service des méthodes statistiques a été créé en janvier 2007.
Tout en maintenant une organisation souple en unités spécialisées (les chercheurs peuvent s'affilier à deux unités à la fois), l'INED a développé une organisation par projets, qui privilégie une trentaine de projets-phares évalués par le Conseil scientifique et dont le détail est consultable sur le site de l'institut. Les projets-phares comprennent en particulier les grandes enquêtes auprès des ménages, ainsi que les projets européens.
Dès sa création, l'INED s'est doté d'une bibliothèque spécialisée en démographie, véritable référence dans le domaine, au niveau national et international. Son catalogue, INEDOC, est accessible en ligne.
Il existe en Europe trois autres instituts de recherche en démographie au statut comparable à celui de l'INED : le NIDI (Netherlands Interdiciplinary Demography Institute) à La Haye (Pays-Bas), le MPIDR (Max-Planck Institute for Demographic Research) à Rostock (Allemagne) et le VID (Vienna institute of demography) à Vienne (Autriche), fondés respectivement en 1970, 1996 et 2002, en grande partie sur le modèle de l'INED. Dans les autres pays d'Europe, les démographes exercent dans les centres universitaires ou les offices nationaux de statistique. L'INED entretient des relations étroites avec ces divers instituts, que ce soit par le biais des projets de recherche de la Commission européenne ou par celui des consortiums internationaux liés à l'ONU.
Depuis 2000, l'INED héberge le siège mondial de l'Union internationale pour l'étude scientifique de la population. Depuis 2008, le directeur de l'INED préside la European Association for Population Studies (EAPS).
En mars 1998, après quinze années passées dans le XIVe arrondissement de Paris, l'INED s'est installé dans le XXe, au 133, boulevard Davout.
La recherche publique ne se confond pas avec la statistique publique mais, pour accomplir sa mission, l'INED doit étroitement collaborer avec elle et, tout spécialement, avec l'INSEE (Institut national de la statistique et des études économiques).
Il s'en distingue cependant par plusieurs traits. L'INSEE est une direction du ministère de l'Economie et des finances, présente dans toutes les régions de France et employant plus de 5000 personnes, en charge de la production de statistiques sur de nombreux domaines : conjoncture économique, statistiques d'entreprises, statistiques sociales et statistiques démographiques. L'INED est un institut de recherche et d'études de 200 personnes, spécialisées dans le domaine démographique. Il dépend du ministère de la recherche, avec une localisation unique à Paris (sachant que plusieurs de ses chercheurs séjournent longuement à l'étranger). C'est l'INSEE qui calcule les indices démographiques de la France (natalité, mortalité, fécondité, espérance de vie) en se fondant sur l'état civil et sur le recensement de la population. C'est également l'INSEE qui estime le solde migratoire à partir de données administratives et des résultats des recensements de population. Dans le cadre de leurs travaux, comme tout chercheur, les chercheurs de l'INED peuvent retravailler ces données, les rectifier à l'occasion. Bénéficiant d'équipes spécialisées, l'INED les analyse en profondeur et les complète par d'autres données (comme les premiers titres de séjour d'au moins un an délivrés par les préfectures). Il produit lui-même des données inédites en organisant des enquêtes. Autre différence : l'INSEE a un rôle de producteur de données sur la France, alors que les travaux de recherche et d'études de l'INED s'intéressent aux données démographiques du monde entier.