Il a été l'un des premiers à tenter d'appliquer une archéologie foucaldienne des discours au champ de l'éducation physique scolaire dans son ouvrage Archéologie de l’éducation physique au XXe siècle en France (1995, rééd., 2006) où il montre comment l'école et les technologie du travail sont décisives pour l'organisation du discours de l'éducation physique. Il montre également dans cet ouvrage la porosité d'un discours à son environnement. Il décrit ainsi un ordre du discours de l'Education physique et sportive, de l'Ecole et du Travail qui se découpe en trois séquences majeures, la première, mécanique, la deuxième machinique, industrielle et énergétique, la troisième enfin tertiaire et informationnelle. Il qualifie cette séquence transformative de « cognomorphose » autrement dit du passage d'un contact de la main avec la matière à un contact du cerveau avec l'information, dans ces trois domaines en dialogue. Il décrit ainsi, poursuivant le projet foucaldien, une forme spécifique de micro-pouvoir.
Par la suite, il a mis en œuvre cette même méthode dans L'Instrumentalisation du corps (1997). Cette fois il s'agissait de définir des isomorphismes archéologiques et des structures du discours de l'instrumentation rationnelle des corps. Ici il décrit les structures archéologiques qui font passer le corps d'un statut d'objet fabriqué par Dieu et de la nature à celui d'un objet fait ou refait de la main de l'homme (le manus opera de Vesalius). Il décrit alors différentes déclinaisons de cette fabrication du corps au cours des quatre derniers siècles, la dernière étant qualifiée d'hypermodernité hédoniste en opposition au concept de post-modernité. Dans la même perspective il a publié avec Renata Freccero La fabrica dei corpi (2001).
Depuis maintenant une quinzaine d'années, il s'intéresse également à l'anthropologie des techniques du corps au sens le plus extensif du terme. Il a récemment publié plusieurs articles dans différentes langues sur les rapports entretenus par la « chair » et le « verbe » au sein de la structure corporelle. Les recherches entreprises sous sa direction aussi bien au sein de l'équipe Corps et Culture que de la JE 2416 ou actuellement de la JE 2516, ont permis de faire émerger l'idée que la société contemporaine, notamment dans le domaine des pratiques corporelles est celle de l'oxymore ou de la hierogamie, c'est-à-dire finalement du rapprochement des contraires (par exemple la modernité ET la tradition, la Communauté ET la Société, la compétition ET la fraternité, l'élite ET la masse...). Par ailleurs, il a particulièrement tenté de décrypter ce que, de manière plus large, on a dénommé « L'invention de la tradition » notamment dans le domaine des pratiques d'exercice (Joutes Languedociennes, Courses camarguaises...), montrant ainsi la difficulté qu'il y a, à vouloir reconstruire une « tradition culturelle » (qui souvent est réinventée après coup par un groupe spécifique : il rejoint ici la thèse d'Aurélie Epron sur l'invention de la lutte bretonne).
Ses derniers travaux s'intéressent aux modèles totalitaires de corps véhiculés notamment par la poupée Barbie ou encore par les images de publicité. Il travaille également sur de nouvelles épidémies du XXIe siècle en Occident telles que la boulimie ou l'anorexie. Il participe activement à la jeune équipe santé, éducation et situations de handicaps en dirigeant de nombreuses thèses et masters 2. Une réorientation thématique des recherches est en cours sur la question du handicap et de l'école ainsi que sur les notions de tératologie et la question des limites de l'Humain et de l'Humanité. Il s'appuie notamment, dans cette perspective sur les travaux de Mary Douglas, notamment Purity and danger, 1965 et How institutions think. Le dialogue de la « chair » et du « verbe » est particulièrement interrogé, dans ce cadre de travail.
Il a été l'un des fondateurs et des rédacteurs de la revue Corps & Culture, il est également le directeur de la revue STAPS, International Journal Of Sports Science and Physical Education, depuis 2001. Il est par ailleurs l'un des membres fondateurs de la revue Tréma (revue reconnues AERES Sciences de l'Education) et membre du comité scientifique de la revue Corps. Il est en outre membre du conseil d'administration de l'Association francophone pour la recherche en activités physiques et sportives (AFRAPS). Il est experts pour de multiples revues portant sur le sport, le corps ou l'éducation dans le domaine des sciences humaines (Corps, Interrogations, Sciences de l'Education, Sport History Review, Tréma, STAPS, Avante...)