La ligne A a rencontré dès les premiers jours un très vif succès. Elle a permis un accès plus rapide et une meilleure diffusion au cœur de Paris des habitants des banlieues est et ouest. La progression rapide de son trafic a permis de dé-saturer comme prévu la gare de Paris-Saint-Lazare et plusieurs lignes de métro, la ligne 1 en particulier à laquelle elle est quasi-parallèle. L'effet réseau entrainé par le jeu des correspondances, avec les ligne B puis D, a profondément modifié et accéléré les flux de voyageurs à travers l'agglomération parisienne. Le bilan de sa création est par conséquent largement positif.
Par une ironie de l'histoire, cette ligne qui avait pour but de dé-saturer d'autres lignes, sur cet axe est-ouest vital à Paris, a été elle-même très rapidement atteinte par la saturation. Dès le milieu des années 1980, après moins de dix ans d'existence, la surcharge chronique des rames aux heures de pointes, transportant 55 000 voyageurs par sens et par heure, a amené la mise en œuvre de plusieurs solutions pour limiter ses effets. La première consiste en une modification de la signalisation avec le SACEM, suivie du prolongement de la ligne 1 à La Défense en avril 1992 et de la mise en place de trains à deux niveaux, plus capacitaires, au milieu des années 1990. Mais il faut une solution lourde pour endiguer - provisoirement - ce phénomène ; c'est la raison de la création de Météor, devenue la ligne 14 du métro urbain en 1998, et de la première phase d'EOLE, devenue en 1999 la ligne E du RER.
Mais ces nombreux investissements n'ont fait que retarder la saturation totale de la ligne, devenue critique, l'erreur fondamentale d'aménagement du territoire subsistant. L'Île-de-France connaît en effet un développement continuel des secteurs résidentiels à l'est, déficitaires en emplois, et parallèlement l'expansion continue du quartier d'affaires de La Défense, concentrant les emplois à l'ouest et accentuant ce déséquilibre. Le prolongement à l'ouest de la ligne E prévue à moyen terme devrait alléger la charge de la ligne A, mais seule une politique globale cohérente du Grand Paris, inexistante à ce jour, pourra à très long terme permettre de dé-saturer durablement la ligne.
Le Schéma directeur de la région Île-de-France (SDRIF) ne prévoit pour l'heure aucun projet de prolongement pour la ligne A.
Le SDRIF prévoit en revanche pour le RER A, la création d'une gare de correspondance à Fontenay-sous-Bois. Il s'agit de faire de cette dernière, une véritable gare de bifurcation des branches Est de la ligne, celles de Marne-la-Vallée - Chessy et de Boissy-Saint-Léger. Cela implique la création de nouveaux quais sur la branche de Marne-la-Vallée. La gare de Fontenay-sous-Bois ne fera plus partie de la branche de Boissy-Saint-Léger ; le moment venu, elle sera intégrée dans le tronçon central de la ligne. La gare de Vincennes ne jouera plus le rôle de gare de bifurcation des deux branches orientales. Le SDRIF prévoit ce projet de gare de bifurcation pour la période 2014 - 2020.
Le projet de prolongement du RER E à l'ouest doit permettre de desservir Mantes-la-Jolie par Poissy.
Le RER E pourrait permettre de supprimer une des trois branches du RER A à l'ouest : la branche de Poissy (et la branche du « Groupe V » du réseau Transilien Paris Saint-Lazare disparaitrait elle aussi). Mais la reprise de la branche de Cergy - Le Haut serait elle aussi envisageable si l'on souhaitait supprimer complètement l'interconnexion à Nanterre-Préfecture. Dans ce cas, toutes les missions du RER A seraient alors exploitées par la RATP tandis que la SNCF exploiterait seule toutes les missions du RER E.