Depuis le 4 février 2008, la ligne A est renforcée aux heures creuses, sur la branche de Cergy - Le Haut. Demandée par la Communauté d'agglomération de Cergy-Pontoise et approuvée par le STIF, la branche de Cergy est desservie avec un train toutes les 10 minutes au lieu d'un train toutes les 20 minutes auparavant. Ce renforcement s'est répercuté sur la branche de Marne-la-Vallée - Chessy, car sa fréquence est doublée ; elle passe de 6 à 12 trains par heure, et sur le tronçon central Nanterre-Préfecture/Vincennes qui passe de 12 à 18 trains par heure.
Sur la branche de Marne-la-Vallée - Chessy, les gares de Bussy-Saint-Georges, Serris-Montévrain - Val d'Europe et Marne-la-Vallée - Chessy sont mieux desservies avec un train toutes les 10 minutes au lieu de 20 minutes auparavant, en raison d'un train sur deux terminant à Torcy.
La branche de Poissy reste cadencée aux 20 minutes, mais on note l'apparition de nouveaux trains qui sont origine/terminus La Défense, toutes les 20 minutes et ceux de Noisy-le-Grand - Mont d'Est, toutes les 10 minutes.
Les branches de Saint-Germain-en-Laye et Boissy-Saint-Léger restent desservies théoriquement avec un train toutes les 10 minutes. En pratique, la fréquence est plutôt à 15–20 minutes.
Les gares de Houilles - Carrières-sur-Seine, Sartrouville, Maisons-Laffitte sont mieux desservies avec 9 trains par heure.
Les gares d'Achères - Ville, Conflans - Fin d'Oise, Neuville - Université, Cergy - Préfecture, Cergy - Saint-Christophe et Cergy - Le Haut sont mieux desservies avec un train toutes les 10 minutes au lieu de 20 minutes auparavant.
Les gares de Val de Fontenay et Noisy-le-Grand - Mont d'Est sont mieux desservies avec 12 trains par heure.
Les gares de Bussy-Saint-Georges, Serris-Montévrain - Val d'Europe et Marne-la-Vallée - Chessy sont aussi mieux desservies avec un train toutes les 10 minutes au lieu de 20 minutes auparavant, en raison d'un train sur deux terminant à Torcy.
Les gares de Noisy - Champs, Noisiel, Lognes et Torcy restent desservies avec un train toutes les 10 minutes.
Les gares de Neuilly-Plaisance et de Bry-sur-Marne restent desservies avec un train toutes les 10 minutes. Pour les voyageurs qui souhaitent aller vers les gares situées entre Noisy - Champs et Marne-la-Vallée - Chessy, un changement de train est nécessaire en gare de Noisy-le-Grand - Mont d'Est.
Il y a plus de 18 trains par heure sur le tronçon parisien de la ligne A, un train toutes les 3 à 4 minutes dans les gares de La Défense, Charles de Gaulle - Étoile, Auber, Châtelet - Les Halles, Gare de Lyon, Nation et Vincennes.
À Nanterre - Préfecture, la desserte comporte plus de 15 trains par heure, en raison de certains trains qui sont rendus terminus à La Défense.
Cependant, les trains circulant entre Paris-Saint-Lazare et Maisons-Laffitte sont limités à Nanterre - Université, du fait que le tronçon Nanterre/Maisons-Laffitte donne priorité aux trains de la ligne A. Un double changement de train est nécessaire à Nanterre - Préfecture, puis à Nanterre - Université pour les voyageurs qui viennent de Maisons-Laffitte, Sartrouville et Houilles - Carrières-sur-Seine pour aller vers les gares de la ligne L, situées entre Nanterre - Université et Pont-Cardinet.
A la demande de Jean-Paul Huchon, président du STIF, et pour remédier à l'irrégularité en hausse de cette ligne, Pierre Mongin, le président de la RATP a présenté un plan d'action pour améliorer la qualité de service de la ligne A. Faisant partie des priorités, tout comme la ligne 13 du métro, plusieurs solutions ont été proposées pour cette ligne afin de mieux anticiper les flux de voyageurs et de gagner en régularité. Certaines propositions seront appliquées à partir de l'automne 2008, d'autres seront effectives à long terme, au-delà de 2015.
Pendant les heures de pointe, l'horaire de la ligne prévoit 30 trains pendant l'heure de la superpointe, soit un train toutes les 2 minutes sur le sens le plus chargé. Mais en cas de perturbations, le nombre de trains diminue jusqu'à 24 trains. Le plan d'action prévoit de nouvelles mesures en matière d'encadrement des agents de la ligne et une amélioration de l'exploitation du matériel roulant. Avec ces nouvelles mesures proposées par le plan d'action, elles permettront de passer de 24 à 27 trains par heure, avec en moyenne, un train toutes les 2 minutes 20 secondes. Elle sera appliquée avant l'automne 2008.
En cas de problème aux heures de pointe du matin, un train de réserve avec un conducteur sera mis en place à Nation, sur la voie de garage centrale (voie Z) située juste avant l'entrée de la gare, en direction de Saint-Germain-en-Laye, Cergy - Le Haut et Poissy, permettant de rapidement mettre en circulation un train lors de perturbations. Cette mesure sera aussi appliquée avant l'automne 2008, tout comme la création de trois trains supplémentaires aux heures de pointe.
Le plan d'action de la ligne A prévoit dans les prochaines années, la généralisation des trains à deux niveaux en remplacement des actuels MS 61 et MI 84. Pouvant recevoir théoriquement jusqu'à 2 600 personnes (un train long), ces derniers pourraient transporter plus de voyageurs. Cette généralisation des trains à deux niveaux serait effective à partir de fin 2010 puisque la RATP a fait un appel d'offres aux fournisseurs pour la livraison de 30 nouveaux trains à deux niveaux.
Ce système permet de fludifier la circulation des trains pendant les heures de pointe, indiquant de façon continue au conducteur la vitesse autorisée et permettant, grâce à un cantonnement plus fin, d'avoir une fréquence des trains de type métro, c'est-à-dire, un train toutes les deux minutes. Il n'est pas rare, avec ce système, de voir le train suivant pénétrer dans une station à l'extrême ralenti alors que l'arrière du train précédent est encore dans la station. Le plan d'action de la RATP prévoit pour la ligne A, un renouvellement du système SACEM et une extension de ce dernier jusqu'à Neuilly-Plaisance et éventuellement jusqu'à Noisy-le-Grand - Mont d'Est.
Le vendredi 27 juin 2008, et faisant suite à de nombreux échanges politiques entre le président de la République Nicolas Sarkozy et Jean-Paul Huchon, président du STIF, le Conseil d'administration de la RATP a donné mandat à son président Pierre Mongin pour prendre les mesures nécessaires à une généralisation progressive des matériels roulants à deux niveaux (MI 2N) sur la ligne A du RER permettant une amélioration de la capacité et de la régularité de la ligne A du RER. La RATP devrait lancer un appel d'offre pour la commande de 30 trains à deux étages pour un coût estimé à 600 millions d'euros. Les premières rames devraient être livrées à la fin 2010. Par ailleurs une option pour une tranche complémentaire permettra de prévoir le renouvellement de l'ensemble du matériel roulant entre 2013 et 2017.
Un seul candidat aurait répondu à l'appel d'offre