Les ponts et passerelles bisontines permettent en grande majorité de franchir le Doubs. Il y'a au total 8 ponts et 4 passerelles.
Le Pont Battant existe depuis l'époque romaine, il franchi le Doubs et permet de relier le centre historique aux trois quartiers anciens de Battant, Charmont et Arènes. Durant la Seconde guerre mondiale, il fut partiellement détruit, puis reconstruit totalement en 1953.Un fragment antique subsiste sous le pont moderne côté Grande Rue.
Le pont de Bregille fut construit en bois en 1689 à la demande de Vauban puis sur piles de pierre de 1834 à 1837. Il franchi le Doubs et permet de relier le centre historique au quartier de Bregille.Il a été reconstruit après sa destruction pendant la seconde guerre mondiale.
Ce pont permet de relier la Boucle à Battant et a la Butte en traversant le Doubs. Le terme Canot pourrais être la contraction de campus niger (champ noir) ou de ganneau (les prés ganneaux sont des prés à regain). Les travaux de construction du pont se sont achevés en 1877, aujourd'hui c'est un des ponts les plus utilisés de la ville.Il a été reconstruit à l'identique après la seconde guerre mondiale.
Le pont Charles de Gaulle traverse le Doubs et permet de relier le centre historique (Gare d'eau) à la Grette et à Planoise. Il fut ouvert en 1968 et réhabilité en 2008.
Le pont de la République (anciennes appellations : pont en fil de fer (1838-1883), pont Saint-Pierre (1883-1904) a été ouvert en 1838, reconstruit en pierre en 1883 puis reconstruit après la Seconde Guerre mondiale en 1947, suite à sa destruction. Ce pont est l'œuvre de l'ingénieur Parandier. Ce pont traverse le Doubs et permet de relier le centre historique au quartier des Chaprais
Le pont Denfert-Rochereau permet de relier le centre historique au quartier des Chaprais, et franchi le Doubs. Elle est souvent appelée pont des Chaprais. À l'origine, c'est une passerelle bâtie en 1941, elle fut par la suite renconstruite en 1989 et porte le nom du colonel Pierre Philippe Denfert-Rochereau.
Le pont de Velotte a été ouvert à la circulation en 1887. Il est situé dans le quartier de Velotte et franchi le Doubs pour atteindre la Nationale 83 (en direction de la commune de Beure ou de Tarragnoz et du centre historique.
Le Pont de Beure permet de relier le quartier de Planoise au village de Beure, et franchi le Doubs.
La Passerelle des Près de Vaux franchi le Doubs et permet de relier le secteur des Prés-de-Vaux au centre historique.
La passerelle de Mazagran fut construite en 1969 et franchi le Doubs et permet de relier le secteur de Mazagran (et Velotte) au secteur de Tarragnoz (et au centre historique).
La passerelle de Chardonnet permet de relier les Prés-de-Vaux et Bregille au centre historique. La passerelle franchi le Doubs.
La passerelle de Planoise permet de relier le secteur des Époisses au secteur de Cassin (à Planoise). Elle est reconnaissable à sa couleur rouge, et a aussi inspiré le nom du journal local, la passerelle. Cette voirie piétonne franchi le boulevard Salvador Allende, elle est donc la seule passerelle ne franchissant pas le Doubs .
La passerelle de la Malate devrais voir le jour d'ici 2011. Elle relieras la Malate et Rivotte au secteur des Prés-de-Vaux et franchira le Doubs.