La cité scolaire comprend un collège dont l'entrée se situe sur l'allée Henri II de Montmorency, au sud-est de la Citadelle. Les bâtiments du lycée occupent l'espace central de celle-ci. Les bâtiments des classes prépas (dont l'internat) se situent à l'entrée, côté esplanade Charles de Gaulle, de chaque côté de l'allée des Droits de l'Homme.
Les deux établissements se partagent certains équipements, comme les terrains de sport à l'est de la cité et la cantine.
Le lycée Joffre est situé au cœur de Montpellier à deux pas de la place de la Comédie et de l'Écusson, sur l'Esplanade et à côté du centre des congrès du Corum. La proximité de la gare et du centre commercial "le Polygone" est un atout pour les élèves accueillis en classes préparatoires. Les grandes librairies de la ville, ainsi que la médiathèque sont également très proches. Le lycée Joffre profite en outre d'un positionnement stratégique vis à vis du tramway puisqu'il est à deux pas des arrêts du Corum et de la Comédie.