L'organisation du Lycée est décidée par ses membres, aussi change-t-elle régulièrement. Une partie du fonctionnement du Lycée semble cependant se maintenir au fil des années et à s'institutionnaliser. Ainsi l'organisation sous formes d'ateliers tend à se perpétuer.
Autogestion, cogestion, partage, écoute, tolérance, responsabilités, autonomie, humanisme, aucune catégorisation, pas de hiérarchisation ni de ségrégation.
Les membres du Lycée sont partagés en six groupes de base de trois mees et d'environ vingt élèves. Ce sont ces groupes qui, à tour de rôle, assurent la gestion du Lycée.
Chaque groupe "gère" le Lycée pendant une séquence dite de "gestion", c'est-à-dire le plus souvent deux semaines. La gestion est en quelque sorte le service public du lycée. Elle est chargée d'assumer la maintenance, l' animation et l'entretien du Lycée ainsi que la gestion des affaires courantes.
En principe, la gestion est un temps à part au cours duquel on privilégie fortement l' entretien et la vie commune au sein du lycée. La gestion est en principe prioritaire sur les autres activités pour assurer convenablement le collectif. Il est quand même toujours possible pour un élève de négocier auprès de sa gestion la possibilité de suivre un activité qui lui tient à cœur ou qui lui semble indispensable à la réalisation de ses objectifs. Un mee peut aussi négocier la poursuite de ses LEDAP ou ACS, mais le plus souvent ces groupes s'organisent pour continuer leur travail sans le mee quand celui-ci est de gestion.
Le groupe de base ou groupe de gestion fait une première réunion pour organiser sa séquence de gestion. Cette réunion est l'occasion d'élaborer des projets de gestions (repeindre certaines salles, monter une exposition, présenter des sketchs pendant les pauses...) et d'organiser concrètement la gestion, d' établir le menu de la semaine... L'organisation habituelle est de répartir les membres de la gestion entre différents secteurs de gestion.
Il n'existe pas de secteur ménage. Chaque secteur est chargé de l'entretien d'une partie du Lycée, de plus les membres du lycée doivent s' assurer de respecter la propreté du lieu, un ménage est organisé à chaque fin de gestion, et un grand ménage en fin de période.