Les ateliers se déroulent généralement le matin et s'étendent sur une ou deux semaines. Ils regroupent autour d'un sujet défini avec un ou deux membres de l'équipe éducative et un groupe d'élèves. Les ateliers ont vocation à traiter de leur sujet de façon pluridisciplinaire. Cependant la nécessité de préparer les élèves qui le veulent au baccalauréat conduit à la programmation d'ateliers spécifiques aux épreuves du Bac.
Les ateliers spécifiques sont souvent programmés en début d'année, alors que les autres ateliers sont programmés en cours d'année dans un temps réservé à cet effet avant chaque période de vacances scolaires.
La programmation des ateliers spécifiques se fait par les groupes d'élèves de chaque épreuve préparée (épreuve anticipée de français, bac scientifique, etc.) en collaboration avec les mees (membres de l'équipe éducative) qui enseignent plus spécifiquement les matières concernées.
On a coutume de diviser les autres ateliers en trois départements, leur but est d' énoncer la manière dont on va aborder le sujet.
La programmation des ateliers commence par une réunion de département où chacun peut proposer un ou plusieurs ateliers dans le département qui l'intéresse, voire éventuellement se déplacer d'une salle à l'autre pour proposer des ateliers dans différents départements. Les ateliers sont discutés quant à leur opportunité et les ateliers qui font le plus consensus sont retenus. Des volontaires de chaque département (élèves et mees) se réunissent dans une commission de programmation pour répartir les ateliers sur les différentes séquences (temps d'une ou deux semaines dans lequel s'inscrit un atelier) et pour leur attribuer un ou deux mee et une salle. La commission de programmation veille à placer en concurrence des ateliers de chaque département pouvant intéresser un public le plus large possible.
Une fois la grille des ateliers fixée, des réunions de programmation rassemblent pour chaque atelier le ou les mees désignés et les élèves qui souhaitent participer à l'atelier. Ce temps a pour but de définir les objectifs de l’atelier, d'en détailler le déroulement et de l'organiser à l'avance. La réunion de programmation peut décider de limiter l'accès à l'atelier aux personnes présentes, répartir entre les personnes présentes un certain nombre de tâches (contact d'un intervenant extérieur, location d'une vidéo, recherche documentaire...), imposer la lecture d'un ouvrage pour participer à l'atelier... La réunion de programmation a aussi pour mission la réalisation d'une affiche récapitulative à l'intention des personnes qui n'ont pas pu ou pas voulu venir à la réunion et de ceux qui participaient à une autre réunion de programmation. Cette affiche expose habituellement les objectifs et méthodes de l'atelier, la date, le lieu et le département de l'atelier, ainsi qu'une liste des personnes présentes à la programmation.
Pour chaque séquence, les élèves doivent choisir entre six ou sept ateliers. Ce choix peut leur être suggéré par la nécessité de tel ou tel atelier pour le cursus qu'ils envisagent, mais chacun reste maître de son choix et peut faire l'impasse sur une partie du programme ou travailler cette partie de façon autonome.