Avant 1995, l'intégration des nouveaux se traduisait par des bizutages humiliants et éprouvants, inspirés de la préparation militaire des élèves officiers. Ces bizutages étaient organisés par les redoublants de mathématiques spéciales (dits « cinq-demis ») sur les élèves de première année. Ceux qui étaient lauréats aux concours dès la première fois qu'ils les passaient, subissaient donc le bizutage sans avoir jamais l'occasion de l'infliger eux-mêmes.
Depuis, en raison notamment de l'arrivée d'élèves de sexe féminin en plus grand nombre, cette pratique a été officiellement abolie au lycée (avant même son interdiction par la loi) même s'il a fallu quelques années pour que certaines habitudes disparaissent. Certains élèves ont, semble-t-il, regretté l'abolition des traditions d'intégration, craignant la disparition de la cohésion des promotions et des bons souvenirs de camaraderie qui y étaient liés, mais les élèves actuels et beaucoup d'anciens trouvent heureuses les évolutions de ces dernières années. Ils soulignent la place de « l'esprit co » et des amitiés à « Ginette ».
Dans son livre Je suis morte et je n'ai rien appris, Solenn Colléter veut dénoncer la facilité avec laquelle des humains peuvent recourir à la manipulation mentale ou à des pressions psychologiques terribles. Elle raconte pour cela, en la romançant, sa propre expérience traumatisante de bizut au lycée Sainte-Geneviève.
En 2004, des réserves sur l'absence de bizutage depuis son interdiction officielle ont été émises suite à la mutation d'un professeur ayant dénoncé le bizutage. Il n'y a cependant plus eu de médiatisation de ces affaires de bizutage au Lycée Sainte-Geneviève depuis un reportage de France 2 en octobre 2007. Dans ce dernier, quelques prises de vue du Lycée, montrant des étudiants marchant banalemment dans l'enceinte de l'établissement, et une interview d'un membre de son administration succèdent à des photos de scènes de bizutage plutôt dures dans une université, sans qu'il ne soit précisé laquelle.