Comme médicament pour combattre la perte de cheveux, l'effet secondaire le plus courant est la démangeaison du cuir chevelu.
Il y a des cas de réactions d'allergie au minoxidil ou à l'excipient propylène glycol qui ont été trouvés avec les formes de la version topique tel que le Rogaine. De grandes applications de minoxidil peuvent causer des accès d'hypotension et cela a été trouvé avec l'usage de gelée de pétrole ou de trétinoïne sur le cuir chevelu avec du minoxidil peuvent augmenter de beaucoup trop l'absorption de ce produit par le cuir chevelu, ainsi que l'utilisation de ce médicament sur les cuirs chevelus avec coup de soleil.
Même si une personne utilise du minoxidil pendant une longue durée et arrête le traitement, la perte de cheveux réapparaît.
D'autres effets secondaires, quoique plus rarement, peuvent survenir :
Tous les effets ci-dessus, à part l'acné, peuvent indiquer un usage trop important de ce produit.
Il a été prouvé que ce médicament pouvait passer de la mère à l'enfant via l'allaitement.