Le genre unique du Myotragus balearicus est la conséquence d'un long processus évolutif sur les îles (un exemple clair de nanisme insulaire). Dans ce type d'isolement, les ongulés ont tendance à devenir plus petits tandis que les rongeurs et les lagomorphes voient leur taille augmenter, comme pour l’Hypnomys, la marmotte géante qui partageait son habitat avec le Myotragus. De telles espèces ont alors tendance à perdre leur sens de la peur envers les prédateurs, si aucun n'est présent sur les îles. La perte de la capacité de courir rapidement en est un exemple clair, ainsi que le développement de la vision stéréoscopique (ce qui est utile pour calculer les distances, mais pas pour repérer les prédateurs) et la réduction proportionnelle du cerveau, phénomène qui a également été observé chez les Homo floresiensis (une espèce découverte récemment de nain à ressemblance humaine, sur les îles de Flores, en Indonésie). Des analyses d’ADN et de vieux fossiles (Pliocène, il y a 5,7 millions d’années) de l'île de Majorque (Myotragus pepgonellae) indiquent que les Myotragus balearicus, en dépit d'être des animaux dits « navigateurs », descendent d'animaux qui broutent. Les espèces les plus proches liées aux Myotragus sont ovines, comme le Nesogoral de Sardaigne (espèce éteinte) du Pléistocène, l’ancien Gallogoral de France (ancêtre continentale éventuel du Myotragus et du Nesogoral), les ovins et mouflons actuels ainsi que les chèvres de montagne d'Asie centrale. Le dernier ancêtre commun aux Myotragus et Nesogoral arriva à Majorque et en Sardaigne autour de 6 millions d'années en arrière, époque à laquelle le détroit de Gibraltar était fermé et la mer Méditerranée n’était qu’une petite poignée de lacs salés. Plus tard, l'ouverture du détroit et l'afflux massif d'eau salée isolèrent les populations animales, qui se diversifieront dans les nouvelles îles de la Méditerranée créées par les forces tectoniques. En même temps, les changements climatiques remplacèrent la végétation subtropicale par celle que nous connaissons aujourd’hui, forçant les Myotragus à apporter des changements drastiques dans leur alimentation et par conséquent, dans leur denture. Étrangement, les Myotragus colonisèrent dans un premier temps uniquement l’île de Majorque. Sur Ibiza un écosystème étrange sans mammifères terrestres s’était développé ; dans lequel les oiseaux et les chauves-souris étaient les principaux vertébrés. Parallèlement, un lapin géant évoluait de la même façon sur l’île de Minorque, que le Myotragus sur l'île de Majorque. Avec le niveau de la mer en baisse depuis l'ère glaciaire, Majorque et Minorque se réunirent et les Myotragus remplacèrent les grands lagomorphes minorquins. Les deux îles furent séparées à nouveau au début de l'Holocène.
Les fouilles qui ont mené à la découverte et à l'identification du Myotragus balearicus ont été réalisées par les l’archéo-zoologiste Dorothea Bate à Majorque en 1909.