Il existe des « moules d'eau douce » mais qui sont classées dans l'ordre des Unionoida et ne sont pas consommables. La plus connue est la moule zébrée, espèce invasive qui colonise en Europe et en Amérique du nord de nombreux canaux, lacs et cours d'eau, au point parfois de poser des problèmes de dysfonctionnement des écluses, de boucher des tuyaux ou éliminer d'autres espèces moins résistantes. Cette espèce n'est habituellement pas consommée, ni commercialisée, et elle peut accumuler des quantité importantes de toxiques, dans la chair, mais surtout dans la coquille.
Les principales espèces de moules de mer comme Mytilus edulis peuvent également séjourner temporairement dans l'eau douce. Aux Pays-Bas, l'un des principaux gisements de moules est l'estuaire de l'Escaut.