NeuGRID - Définition

Introduction

neuGRID est un projet financé par l'Union européenne dans le septième programme cadre. Ce projet prévoit le développement d’une infrastructure numérique pour la recherche scientifique, fondée sur la technologie des grilles informatiques et équipée d’une interface d’utilisation facile, qui permettra aux neuroscientifiques européens de faire avancer la recherche pour l’étude des maladies neurodégénératives. Grâce à l’utilisation du paradigme des grilles informatiques dans le projet neuGRID, la possibilité de stocker et classer une quantité considérable de données d’imagerie médicale sera accompagnée par la possibilité d’effectuer des analyses couteuses en temps de calcul.

Description

L’objectif de ce projet est l’utilisation conjointe de deux infrastructures numériques, qui ont été développées afin de permettre à la communauté neuroscientifique européenne de faire avancer la recherche sur les maladies neurodégénératives, comme la maladie d’Alzheimer.

Grâce aux analyses d’images 3D IRM et à une série de services distribués, il sera possible d'identifier des marqueurs des maladies neurodégénératives. Grâce à la flexibilité de l’infrastructure technologique, il sera également possible d'étendre les fonctionalitées de neuGRID à d'autres applications médicales.

• Au plus haut niveau, les interfaces utilisateurs répondront aux exigences des différents domaines applicatifs (i.e. calcul de l’épaisseur corticale), tout en conservant un aspect très générique, afin de garantir une utilisation future aisée.
• Au plus bas niveau, les services d’interface grid avec les systèmes distribués (i.e. grid, cloud, …) sont constitués par des composants logiciels existants, pouvant être reconnus par la grille et pouvant interagir avec les logiciels de grille choisis (le plus connu EGEE/gLite). Ils fournissent un système d’accès virtuel aux fichiers informatiques, en cartographiant , sur un modèle hiérarchique commun, les données existantes qui sont disponibles dans le système. Ainsi, d’autres centres peuvent accéder aux données mais également aux fonctions de requête/soumission de tache de calcul.
• Entre ces deux niveaux, il y a une série de services génériques, comme le service de requête et le service de dépôt et de manipulation des images.

Activités de Service (Service Activities)

Les services distribués se fondent sur l’expérience et sur l’expertise acquises pendant le développement d’infrastructures numériques existantes, spécifiquement créées pour la recherche concernant les maladies neurodégénératives. Ces infrastructures peuvent fournir des services de calcul intensif, de gestion des données destinées à la communauté et des services “generiques”, qui peuvent améliorer et faciliter l’utilisation même de l’infrastructure. leur combinaison est née la plateforme de grille neuGRID qui peut fournir une grande variété de services aux utilisateurs finaux. Les activités dans ce secteur comportent le développement et l’approvisionnement de services spécifiques et médicaux pour les images et pour la grille.

L’infrastructure

Niveau 0 – elle fournit les services de base de l’infrastructure, en partant du service de gestion du système d’informations de la grille jusqu’au service pour la gestion de la base des données neuGRID.

Niveau 1 – elle contient les ressources informatiques proprement dites, accessibles aux neuroscientifiques pour l’acquisition de données, la spécification des pipelines et l’expérimentation de nouveaux marqueurs des maladies neurodégénératives.