L'édifices et les machines sont classées en 1989, l'Institut de France en est alors le propriétaire, comme le reste du Domaine de Chantilly. En 1997, une association se constitue pour restaurer l'intérieur du bâtiment et ses machines hydrauliques. La machine du XVIIe siècle a ainsi été reconstituée et inaugurée en 2005. L'association du pavillon Jacques de Manse assure toujours la visite et l'entretien du bâtiment. Une campagne de restauration de l'extérieur du pavillon est actuellement en cours.
Dès la fin du XVIIIe siècle, le pavillon est flanqué d'un bâtiment horizontal dans le but d'accueillir des activités industrielles. Le bâtiment est acheté par François Richard-Lenoir qui installe juste à côté une fabrique de tissage. D'autres activités industrielles d'y succèdent. En 1840, le Duc d'Aumale fait démanteler la machine du XVIIe siècle hors d'usage et la fait remplacer par une nouvelle pompe. Un nouveau système de turbine est installé en 1870. Un forage de plus de 100 m de profondeur permet en effet d'alimenter en eau potable le château et ses dépendances. Une blanchisserie, toujours visible, est installée dans le bâtiment adjacent.