La peste d'Athènes est le nom traditionnel sous lequel est désignée une épidémie ayant touché par vagues la Grèce antique de -430 à -426 av. J.-C. Elle a été notamment rapportée par Thucydide dans son Histoire de la guerre du Péloponnèse et a causé plusieurs dizaines de milliers de morts, dont celle de Périclès qui marque la fin d'un époque privilégiée. Aujourd'hui la communauté médicale considère que c'est le typhus qui est le responsable le plus probable de cette épidémie qui tua peut-être un tiers de la population de la cité.
Thucydide est contemporain de cette épidémie. Au livre II de son Histoire de la guerre du Péloponnèse, il relate que l'épidémie est née en Éthiopie et est ensuite passée en Égypte et en Libye avant d'atteindre le monde grec. Selon Thucydide, cette maladie fit une apparaition soudaine dans le port du Pirée, au commencement de l'été, avant de s'étendre. Elle a ainsi gagné le cœur d'Athènes, densément peuplée, au cours de la deuxième année de la guerre du Péloponnèse.
Selon Thucydide (III, 87), 4 400 hoplites et 300 cavaliers sont morts durant cette épidémie. Il ne fournit pas de chiffre au niveau des civils, celui-ci étant trop important. Mais on peut en déduire qu'Athènes perdit le tiers de sa population.
Arnold Wycombe Gomme, commentateur de Thucydide, évalue le nombre de victimes entre 70 000 et 80 000.
Thucydide tente de décrire les caractéristiques générales de cette épidémie. Il en parle ainsi (II, XLIX) :
« En général on était atteint sans indice précurseur, subitement en pleine santé. On éprouvait de violentes chaleurs à la tête ; les yeux étaient rouges et enflammés ; à l'intérieur, le pharynx et la langue devenaient sanguinolents, la respiration irrégulière, l'haleine fétide. A ces symptômes succédaient l'éternuement et l'enrouement ; peu de temps après la douleur gagnait la poitrine, s'accompagnant d'une toux violente ; quand le mal s'attaquait à l'estomac, il y provoquait des troubles et y déterminait, avec des souffrances aiguës, toutes les sortes d'évacuation de bile auxquelles les médecins ont donné des noms. Presque tous les malades étaient pris de hoquets non suivis de vomissements, mais accompagnés de convulsions ; chez les uns ce hoquet cessait immédiatement, chez d'autres il durait fort longtemps. Au toucher, la peau n'était pas très chaude ; elle n'était pas livide non plus, mais rougeâtre avec une éruption de phlyctènes et d'ulcères ; mais à l'intérieur le corps était si brûlant qu'il ne supportait pas le contact des vêtements et des tissus les plus légers ; les malades demeuraient nus et étaient tentés de se jeter dans l'eau froide ; c'est ce qui arriva à beaucoup, faute de surveillance ; en proie à une soif inextinguible, ils se précipitèrent dans des puits. On n'était pas plus soulagé, qu'on bût beaucoup ou peu. L'on souffrait constamment du manque de repos et de sommeil. Le corps, tant que la maladie était dans toute sa force, ne se flétrissait pas et résistait contre toute attente à la souffrance. La plupart mouraient au bout de neuf ou de sept jours, consumés par le feu intérieur, sans avoir perdu toutes leurs forces. Si l'on dépassait ce stade, le mal descendait dans l'intestin ; une violente ulcération s'y déclarait, accompagnée d'une diarrhée rebelle qui faisait périr de faiblesse beaucoup de malades. Le mal, qui commençait par la partie supérieure du corps et qui avait au début son siège dans la tête, gagnait ensuite le corps entier et ceux qui survivaient aux accidents les plus graves en gardaient aux extrémités les traces. Il attaquait les parties sexuelles, l'extrémité des mains et des pieds et l'on n'échappait souvent qu'en perdant une de ces parties ; quelques-uns même perdirent la vue. D'autres, aussitôt guéris, n'avaient plus dès lors souvenir de rien, oubliaient leur personnalité et ne reconnaissaient plus leurs proches. »
— Thucydide.