Sur PC, un grand nombre de jeux ont droit à leur patch et à leur mod. Un patch est une mise à jour officielle de l'éditeur, téléchargeable gratuitement, qui le publie pour améliorer la stabilité du jeu ou résoudre des bugs du programme. Le mod, lui, est généralement fait par des passionnés (également gratuit et également téléchargeable) qui cherchent à implémenter de toutes nouvelles données dans le jeu lui même.
S.T.A.L.K.E.R. fût une véritable source d'inspiration pour une quantité de moddeurs. De fait, le nombre de mods individuels disponibles pour ce jeu est tout simplement incalculable. L'unique problème avec tout ces mods individuels, c'est qu'ils sont souvent incompatibles entre-eux, et peuvent créer de nombreux problèmes de stabilité, cela entraînant parfois l'obligation de désinstaller et de réinstaller le jeu.
Aussi, quelques équipes décidèrent de se pencher sérieusement sur la question afin de pouvoir proposer des mods-géant, soit des mods regroupant une grande quantité de mods individuels avec pour principal objectif d'abolir ces incompatibilités (exemples : AMK, Oblivion Lost, Priboi Story, Lost Alpha, ...).
Aucun de ces mods n'est absolument parfait, ni garant d'une stabilité absolue de l'application (puisque faits par des amateurs passionnés), néanmoins ils rallongent considérablement la durée de vie du jeu, en le modifiant en grande partie (retouche graphique et/ou sonore, nouvelles quêtes, nouvelles armes, nouveaux lieux, nouveaux personnages, voire nouvelle trame globale (histoire) donc presque nouveau jeu).
GSC, éditeur du jeu ukrainien, a directement intégré certains de ces mods et s'inspira d'autres dans les deux opus suivant (Clear Sky & Call of Prypiat) suite à l'engouement qu'ils suscitèrent chez les fans.
Le 3 mars 2009, les développeurs du jeu ont diffusé une bêta (bêta : jeu en cours de développement) de S.T.A.L.K.E.R. tel qu'il était en 2004. C'est une première dans l'histoire du jeu vidéo qu'un éditeur distribue gratuitement une version de développement d'une de leurs créations. Cette bêta a même fait l'objet d'un patch officiel (V.002) de l'éditeur suite à son franc-succès rencontré auprès de la communauté des fans. De plus, cette bêta sert de base à une équipe de bénévoles qui réalise actuellement (fév. 2010) un "mod" nommé "Lost Alpha" dans lequel la grande majorité des cartes de celle-ci, qui furent tronquées dans le jeu finalisé, seront réintégrées. Des vidéos de cette bêta sont disponibles sur les sites de vidéos en ligne comme YouTube ou Dailymotion pour ne citer que ces deux là.
GSC développera une préquelle (avant-propos) aux évènements de "Shadow of Chernobyl, S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky, commercialisé en septembre 2008.
Une suite, S.T.A.L.K.E.R.: Call of Prypiat fut commercialisée en octobre 2009, tout d'abord en Russie. Puis en février 2010 en France. C'est le premier des trois S.T.A.L.K.E.R. à connaître une sortie anticipée dans les pays slaves. Une manœuvre ayant pour but, à demi-avoué de GSC, de mettre une bonne fois pour toute fin à la polémique de sortir des "S.T.A.L.K.E.R." réputés injouables à leur commercialisation, la communauté de joueurs russes servant en quelque sorte de testeur final.