Toutes l'équipe de la cité est victime d'étranges visions lorsque de mystérieux animaux marins s'approchent d'Atlantis
L'équipe doit libérer O'Neill et Woolsey, tous deux prisonniers des Asuran occupant Atlantis.
McKay a acquis de nouvelles capacités et décide de recalibrer la consommation en EPPZ de la cité. Hélas, tout ne va pas se passer comme il l'espère et son activité cérabrale va s'emballer. La seule issue à sa survie est l'Ascension mais McKay se montre réticent à croire des choses que la science n'explique pas...
L'équipe retrouve Lucius Lanvin en train d'utiliser un bouclier ancien le rendant invincible. Il profite de cette technologie afin de se faire passer pour un être courageux et se faire ovationner par les habitants locaux.
En découvrant une station orbitale, l'équipe réveille les derniers survivants d'une civilisation. Mais les choses vont dégénérer lorsque l'un d'entre eux apprend que sa famille a été sacrifiée.
McKay et Sheppard se lancent dans un jeu de simulation de vie. Mais lorsque leurs deux civilisations sont sur le point d'entrer en guerre, ils se rendent compte que tout n'est pas si virtuel qu'ils le croyaient en arrivant sur une planète dont les habitants ont exactement le niveau technologique, ressources... que ce qu'ils avaient dans leur partie.