Évidemment, il y a aussi des inconvénients à ce système d'étiquettes : pas de groupe standard de mots-clés (ou lexique contrôlé), pas de standard pour la structure des étiquettes (ex. : singulier ou pluriel, majuscules ...), mauvais étiquetage en raison de fautes d’orthographe, étiquettes ayant plusieurs sens, étiquettes confuses à causes de synonymes ou d'antonymes, étiquetage particulièrement subjectif pour certains utilisateurs, aucun moyen d’indiquer les relations hiérarchiques entre étiquettes (ex. : un site peut être étiqueté fromage et cheddar sans que rien n’indique que cheddar soit une amélioration ou une sous-classe de fromage).
Le bookmarking social est également sujet à corruption et connivence. En raison de sa popularité, certains utilisateurs commencent à le considérer comme un outil à utiliser en plus de l’indexation pour rendre leur site web plus visible. Plus une page web est envoyée et étiquetée, plus elle aura de chance d’être trouvée. Les spammeurs (personnes pratiquant le spam) référencent plusieurs fois la même page web et/ou chaque page de leur site en utilisant un grand nombre d’étiquettes populaires, obligeant ainsi les développeurs à améliorer constamment leur système de sécurité pour éviter les abus. C'est pour cette raison que certains sites de bookmarking social ont dû ajouter des tests de Captcha, ce qui pose problème aux gens utilisant le site pour des raisons autres que le spamming.
Ce système a plusieurs avantages par rapport aux logiciels traditionnels de localisation et de classification des sites web, tels que les moteurs de recherches. Toute la classification des ressources Internet (tels que les sites Web) s’appuyant des mots-clés est faite par des êtres humains qui « comprennent » le contenu du site contrairement aux logiciels qui essaient, au moyen d’algorithmes, de déterminer le sens de cette ressource. Ceci fournit des étiquettes classées sémantiquement, ce qui est difficile à trouver avec les moteurs de recherches actuels.
De plus, comme les gens ajoutent les ressources qu’ils trouvent utiles, les ressources jugées les plus utiles sont ajoutées par un plus grand nombre d’utilisateurs. Ainsi, le système va pouvoir noter les ressources en fonction de l’utilité avec laquelle elles sont perçues. C’est indiscutablement un système de mesure beaucoup plus utile aux utilisateurs que les systèmes notant les ressources en fonction du nombre de liens pointant vers elle.
Des logiciels libres permettant d'implémenter un service de bookmarking social existent, voir :
D’autres services comme Warichu sont gratuits et contiennent des modules en open source (à savoir Collaborative Chew et Sticky Chew).
Récemment, un certain nombre de services ont été créés grâce à Pligg, tels que Tomateo ou LePiocheur.
Le logiciel Scuttle, dont le développement est arrêté depuis plusieurs mois, a été repris par l'équipe de SemanticScuttle avec des fonctionnalités de structuration de tags .
Voir Revue : 6 outils de bookmarking opensource