L'apport de Young au domaine de l'optique est sans doute son plus grand motif de célébrité, en particulier sa célèbre expérience de la double fente. En 1801, il fait passer un faisceau de lumière à travers deux fentes parallèles, et le projette sur un écran. La lumière est diffractée au passage des fentes et produit sur l'écran des franges d'interférence, c'est-à-dire une alternance de bandes éclairées et non-éclairées. Young en déduit la nature ondulatoire de la lumière (voir aussi dualité onde-particule).
En mécanique des milieux continus, Young a laissé son nom au module de Young, qui caractérise la déformation élastique d'un matériau en fonction de la contrainte qui lui est appliquée. Plus le module de Young est élevé, plus le matériau est dit rigide.
Young est également considéré comme le fondateur de l'optique physiologique. En 1793 il explique comment l'œil accommode la vision à différentes distances en modifiant la courbure du cristallin. En 1801 il est le premier à décrire l'astigmatisme. Il présente dans ses conférences l'hypothèse que la perception de la couleur est due à la présence sur la rétine de trois types de récepteurs qui réagissent respectivement au rouge, au vert et au bleu. Cette théorie sera développée par la suite par Hermann von Helmholtz et vérifiée expérimentalement en 1959.
En physiologie, Young fait une contribution importante en hémodynamique lors de la Croonian Lecture de 1808 avec son exposé sur les Fonctions du cœur et des artères. Parmi ses écrits on trouve aussi son Introduction à la littérature médicale, qui présente un Système de nosologie pratique (1813) et un Traité pratique et historique sur la tuberculose (appelée à l'époque "consumptive disease") (1815).
Young a comparé la grammaire et le vocabulaire de 400 langages différents. En 1813 il introduit le terme de langues indo-européennes.
Young est d'autre part un des premiers à déchiffrer certains hiéroglyphes. En juin 1814, un de ses amis lui apporte un papyrus démotique ; séduit par l'aventure, Young entreprend la traduction du texte démotique ainsi que celui de la pierre de Rosette. Il prend contact avec Johan David Åkerblad qui avait abandonné ses propres recherches et qui met son alphabet démotique de seize lettres à la disposition de Young. Ce dernier s'aperçoit que cet alphabet n'est pas viable, et en trois mois, parvient à de meilleurs résultats. Il établit une traduction conjecturale du texte démotique de la pierre de Rosette ; guidé par son instinct mathématique, il instaure un astucieux système de découpage du texte par classement et comparaison des différents signes, lui permettant d'importantes découvertes :
À l'automne 1814, il fait part de ses résultats à Silvestre de Sacy qui est emballé et considère Young comme le déchiffreur des hiéroglyphes. Pendant les trois années suivantes Young poursuit ses travaux sur le démotique et fait des progrès dans la compréhension de l'alphabet hiéroglyphique, se rendant compte notamment que les signes n'étaient pas tous alphabétiques. En 1823 il publie un Compte-rendu des récentes découvertes sur l'écriture hiéroglyphique et l'Antiquité égyptienne. Il reprend pour l'édition 1818 de l'Encyclopædia Britannica quelques-unes de ses conclusions dans le fameux article Égypte, un long texte de vingt pages suivi de quatre pages d'illustrations, consistant en exposés sur la mythologie, les institutions, l'histoire et la chronologie égyptienne, auxquels s'ajoute une partie consacrée à l'« analyse de la triple inscription de la pierre de Rosette ». Scientifique consciencieux, il y donne le nombre de groupes de signes identifiés pour chaque écriture et signale par exemple que le mot « roi » est écrit trente fois en grec, alors qu'un groupe de signes identiques apparaît trente-sept fois en démotique, ou encore que le nom « Ptolémée » est présent onze fois en grec, alors que quatorze cartouches renferment un même assemblage de signes en hiéroglyphes. Cependant, sur les deux-cent-vingt mots que Young prétendait avoir déchiffrés, seuls une moitié étaient justes.
Quand Jean-François Champollion publie sa traduction complète des hiéroglyphes, Young reconnaît son avancée mais lui demande en même temps de déclarer s'être appuyé sur ses articles antérieurs. Champollion, qui est parvenu à la compréhension fondamentale du système hiéroglyphique grâce à sa maîtrise du copte, refuse d'admettre toute paternité de la traduction à Young, dont les interprétations comportaient des manques et des erreurs. Un schisme s'ensuit, au cours duquel les Britanniques soutiennent Young et les Français maintiennent que Champollion est l'unique déchiffreur des hiéroglyphes. En dépit de cette querelle fortement nourrie par les tensions politiques de l'époque, Champollion laissera plus tard Young accéder à des manuscrits démotiques au Louvre quand il en sera conservateur.