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Posté par Michel le Mardi 22/05/2012 à 00:00
Découverte de nouvelles formes virales dans des sédiments anciens
De nouvelles formes de virus - dont des virus cubiques - et d'autres formes jusqu'ici observées uniquement dans des milieux extrémophiles ont été découvertes dans les sédiments du lac Pavin, un lac volcanique situé dans le Puy-de-Dôme. C'est le résultat d'une équipe française menée par des chercheurs du Laboratoire Microorganismes: Génome et Environnement (L'environnement est tout ce qui nous entoure. C'est l'ensemble des éléments naturels et artificiels au sein duquel se déroule la vie...) (CNRS / Université Blaise Pascal (Blaise Pascal (19 juin 1623, Clermont (Auvergne) - 19 août 1662, Paris) est un mathématicien et physicien, philosophe, moraliste et théologien français.) / Université d'Auvergne), dont l'étude va bientôt paraître dans The ISME Journal.

Les virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus existent sous une forme extracellulaire ou intracellulaire. Sous la forme intracellulaire (à...) associés aux trois grands domaines de la vie (La vie est le nom donné :) (bactéries, archées, eucaryotes) sont omniprésents dans notre environnement où ils représentent les particules biologiques les plus abondantes et forment le plus grand réservoir de diversité génétique. Les sédiments aquatiques abritent eux aussi d'abondantes communautés de virus. Cependant, on ne sait que peu de choses sur les populations contenues dans les environnements particuliers que sont les sédiments d'eau (L’eau est un composé chimique ubiquitaire sur la Terre, essentiel pour tous les organismes vivants connus.) douce profonds, sans lumière ni oxygène. C'est pour cette raison que les auteurs de l'étude à paraître dans The ISME Journal ont mené un travail exploratoire sur les virus d'archées présents dans les sédiments anoxiques du lac (En limnologie, un lac est une grande étendue d'eau située dans un continent où il suffit que la profondeur, la superficie, ou le volume soit suffisant pour provoquer une stratification, une zonation, ou une régionalisation des...) Pavin. Des carottes de 40 cm (représentant environ 130 années de sédimentation) ont été prélevées dans ce lac de cratère profond de 92 mètres, qui s'est formé il y a environ 7 000 ans lors de la dernière éruption volcanique en Auvergne.


Observées dans les sédiments anciens du lac Pavin, ces particules cubiques de type viral ont des faces
de 70 nanomètres de côté. Elles possédent un corps central sphérique © Jonathan Colombet

Les analyses ont mis en évidence des particules virales infectieuses, pour la plupart à morphologie tête-queue comme dans les autres milieux pélagiques, mais présentant, pour certaines, une taille et une conformation (En chimie, la conformation d'une molécule est l'arrangement spatial des atomes qui la composent. Les molécules dans lesquelles les atomes sont...) atypique. Ont également été observés des virus à formes atypiques (citron, bâtonnet, filament, etc.), qui sont caractéristiques des virus d'archées, jusqu'ici observés uniquement dans des environnements très chauds ou hypersalins. Il y a aussi eu des surprises avec la découverte de nouvelles formes virales dont des virus cubiques, qui n'avaient jamais été observées dans la nature.

Enfin, les chercheurs ont pu pour la première fois observer des formes virales atypiques présentes dans une archée apparentée au genre Methanosaeta, un des groupes majeurs d'archées produisant du méthane - gaz (Un gaz est un ensemble d'atomes ou de molécules très faiblement liés et quasi-indépendants. Dans l’état gazeux, la matière n'a pas de forme propre ni de volume propre : un gaz tend à occuper tout le...) à puissant effet de serre (L'effet de serre est un processus naturel qui, pour une absorption donnée d'énergie électromagnétique, provenant du Soleil (dans le cas des corps du...) - sur Terre (La Terre est la troisième planète du Système solaire par ordre de distance croissante au Soleil, et la quatrième par taille et par...). Ces découvertes mettent donc en perspective le rôle des virus et autres parasites de microorganismes de l'environnement dans les processus de production et de consommation de gaz à effet de serre (Une serre est une structure généralement close destinée à la production agricole. Elle vise à soustraire aux éléments climatiques les cultures produites pour l'alimentation ou le plaisir de...).



Référence:

Unexpected and novel putative viruses in the sediments of a deep-dark permanently anoxic freshwater habitat, à paraître dans The ISME Journal, Guillaume (Guillaume est un prénom masculin d'origine germanique. Le nom vient de Wille, volonté et Helm, heaume, casque, protection.) Borrel, Jonathan Colombet, Agnès Robin, Anne-Catherine Lehours, David
Prangishvili & Télesphore Sime-Ngando.


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Source: CNRS-INEE