L'évêque Brunon de Toul, élu pape sous le nom de Léon IX passe au Mont sainte Odile et visite les tombes mérovingiennes. Vers 1153 l'empereur Frédéric Ier Barberousse (1122-1190) visite l'abbaye de Hohenbourg et décide de reconstruire les deux monastères, Niedermunster et Hohenbourg ruinés par son père Frédéric II de Souabe dit Le Borgne durant la Querelle des Investitures pour déloger les Hohenbourg, ses ennemis. Il avait dit-on fait mettre le feu aux abbayes de Hohenbourg et de Niedermunster. Frédéric Ier Barberousse charge une de ses parentes, Relinde, abbesse augustine de Rastibonne de reconstruire les deux monastère à titre expiatoire. Avec l'arrivée vers 1153 de l'abbesse Relinde (+ 1176) d'importants travaux sont réalisés à Hohenbourg. C'est de cette époque que semble dater la partie basse des murs de l'église, la chapelle de la croix, la chapelle des larmes et la chapelle des Anges. A la mort de Relinde,Frédéric Ier Barberousse nomme magister operis, Herrade au couvent de Hohenbourg et Edelinde à Niedermunster, les deux abbesses issues de la noble famille des Landsberg. Herrade s'illustra comme auteur de l'ouvrage manuscrit Hortus Deliciarum.Elle fit appel en 1178 aux Prémontrés d'Etival pour desservir l'abbaye, puis fonda vers 1180 l'abbaye de Truttenhausen qu'elle confie aux Augustins de l'abbaye de Marbach. Vers 1194, l'abbaye de Hohenbourg reçoit la visite de Richard Cœur de Lion en personne libéré de captivité.Sous l'abbatiar de l'abbesse Elisabeth de Lutzelburg, Egelolf de Mundingen cède à l'abbaye des biens se trouvant à Bolsenheim et à Uttenheim pour assurer la prébende d'un prêtre qui célèbre chaque jour la messe à l'autel de la croix.Sous l'abbatiat d'Élisabeth II, Louis de Bavière (1229-1294) confirme au couvent de Hohenbourg tous ses anciens avantages et droits, tandis que le pape Jean XXII (pape de 1316 à 1334) charge le prévôt de Saint-Amarin, le Doyen de la cathédrale de Bâle et le trésorier de Lautenbach de se pencher sur la contestation opposant Hohenbourg au Grand Chapitre de la cathédrale de Strasbourg. Le roi Charles IV qui sera consacré empereur en 1355 gravit la montagne du Hohenbourg avec une nombreuses suite parmi les quels Jean de Lichtenberg, évêque de Strasbourg.
Le couvent et l'église de Sainte-Odile eurent à subir de grands désastres dans le cours des siècles. Ce sont d'abord les Hongrois qui dévastent et pillent vers 917 et 925 le couvent et ses dépendances. En 1045, on ne sait pas quel évènement l'église est détruite par les flammes puis reconstruite par le pape Léon IX. Quatre années plus tard un nouvel incendie se déclare au sommet du Hohenbourg communiqué dit-on par la forêt en flamme. Vers 1115 le duc Frédéric le Borgne incendie le monastère pour se venger des Hohenbourg ses pires ennemis. A peine nommée, en 1200, Edelinde de Landsberg doit faire face à un violent incendie à Hohenbourg communiqué par la forêt en feu qui réduit une grande partie du couvent en cendres. Les travaux de reconstruction achevés, un autre incendie provoqué accidentellement vers 1224 se déclare sur le haut de la montagne. Henri, roi des romains, accorde un privilège spécial aux habitants de la montagne en les exemptant de tailles et d'impôts. La même année, selon la tradition, Sainte Elisabeth de Thuringe vient se recueillir à Hohenbourg. Les deux reconstruction en un quart de siècle grève lourdement le budget de la communauté. En 1229, l'abbaye d'Hohenbourg est dirigée par une dénommée Werentrude qui succède à Elisabeth de Lutzelbourg qui meurt en 1223. En 1243 le couvent est à nouveau en feu. Sous le règne de l'abbesse Agnès II un nouvel incendie se déclare en 1277 au couvent. À peine reconstruit, la forêt voisine brûle à nouveau vers 1301 communiquant le feu à l'abbaye. En 1365 les Routiers avec à sa tête Arnaud de Cervole écument la région. Ils montent au sommet du Hohenbourg en pillant et en commettant les pires atrocités. En juillet 1473, une forte canicule provoque un feu de forêt. Les flammes arrivent jusqu'au sommet de la montagne et communiquent le feu au monastère qui est presque entièrement consumé.On soupçonne les Bourguignons de Charles le Téméraire d'être à l'origine des incendies de forêts.Il faut une fois de plus tout reconstruire. C'est sans doute de cette époque, au moins en partie, que datent les murs actuels de l'église avec leurs fenêtres gothiques. Au début du XVIe siècle des agitateurs profitant de la réforme luthérienne soulèvent les paysans, non seulement contre les nobles, mais surtout aussi contre le clergé, les couvents.Un des lieux de rassemblement se trouvait non loin de Heiligenstein, au pied du Mont sainte-Odile. Le couvent de Hohenbourg est pillé et incendié, ainsi que le prieuré de Saint-Gorgon et l'abbaye de Truttenhausen. L'écrasement des paysans à Scherwiller par les troupes du duc de Lorraine ne ramena pas pour autant le calme. De nombreux strasbourgeois embrassèrent avec enthousiasme le réforme et divisèrent ainsi l'Alsace en deux camps qui cherchèrent à triompher l'un contre l'autre. Les chanoinesses de Hohenbourg qui avaient vu disparaître le couvent de Niedermunster et le prieuré de Saint-Gorgon n'eurent plus la volonté, ni le désir de reconstruire les bâtiments abbatiaux. À la veille de l'Annonciation, en mars 1546, des flammes se mettent à jaillir du toit alors que l'abbesse prend son bain, elle a juste le temps de sortir de la pièce. On parvient à sauver des flammes la croix de Niedermunster, le calice de Sainte Odile et l'Hortus Deliciarum. Il n'y a semble-t-il pas de pertes humaines, mais d'énormes dégâts. Des pans entiers de maçonnerie, les murs de l'église, la chapelle de la croix, les deux chapelles à l'extrémité du rocher sont consumés. Le tombeau de Sainte Odile, ainsi que le sarcophage de l'abbesse Eugénie et celui d'Aldaric ont été miraculeusement préservés de la destruction. Après l'incendie de 1546, les chanoinesses abandonnèrent cette abbaye, et plusieurs d'entre elles, entre autres l'abbesse Agnès d'Oberkirch adoptèrent les doctrines de la Réforme protestante. Les revenus des deux monastères (Hohenbourg et Niedermunster) furent alors réunis à ceux de l'évêché.En 1572 l'église est complètement détruit par la foudre. Mais bientôt, la guerre de Trente Ans devait débuter qui mit aux prises les troupes de la Ligue Catholique aux ordres de l'empereur Ferdinand II et celles de l'Union Évangélique des princes allemands commandés à l'époque par le comte Ernst von Mansfield. En 1622, les soldats de ce chef pillèrent et incendièrent tout ce qui avait été reconstruit à cette époque au mont Sainte-Odile. Ce n'est qu'après les traités de Westphalie en 1648 que les fonds furent rassemblés permettant la réinstallation des prémontrés.Hélas, à peine les chanoines prémontrés avaient-ils eu le temps de remettre en état le couvent, que le couvent est à nouveau la proie des flammes le 7 mai 1681. Une vaste collecte publique est alors organisée en Alsace et dans le Sundgau et jusqu'en Souabe, en Bavière et en Rhénanie jusqu'à Cologne pour restaurer les ancienne constructions et édifier une nouvelle église conventuelle. Celle-ci est consacrée le 20 octobre 1696.
En France durant la guerre de trente ans des bandes de pillards désarmés cherchent à faire fortune en Alsace.Ils mettent semble-t-il le feu à l'abbaye vers 1365. En 1375, Enguerrand de Coucy lance ses soudards sur Hohenbourg et provoque des dégâts considérables à l'abbaye. Sous l'abbatiat d'Anastasie d'Oberkirch, la guerre des paysans met l'abbaye en ébullition entre février et mai 1525. Un groupe de paysans occupe Hohenbourg. Les chanoinesses se mettent à l'abri dès l'approche du danger en se rendant le plus souvent dans leur propre famille.Agnès de Zuckmantel, future abbesse, cherche refuge derrière es murailles de Strasbourg.En 1632, ce sont les Suédois qui occupent la montagne où se trouve l'abbaye et commettent des dégâts dans les bâtiments fraichement rénovés.
En 1178 Herrade dite de Landsberg fait venir les Prémontrés d'Etival pour desservir Hohenbourg. Elle donne un petit domaine appelé Saint-Gorgon, de même que des revenus de plusieurs villages. Les Prémontrés recevront en outre un petit bois à Ergesheim, localité plus connue aujourd'hui sous le nom de Krautergersheim.Après plusieurs incendies et reconstruction l'incendie de 1546 marque la fin des Prémontrés au Hohenbourg et aussi celle des nonnes. Une église voit le jour en 1573, mais la guerre de Trente Ans amène la désolation sur la montagne.L'évêque de Strasbourg demande aux Prémontrés d'Etival d'assurer une présence près de tombeau déserté de sainte Odile sur les ruines du monastère en 1605. En 1605, le vicaire épiscopal Adam Petz y fonda un couvent de Prémontrés qui fut ravagé en 1622 par les Troupes de Ernst von Mansfeld (1580-1629). Les religieux abandonnent le site en 1632. Ils reviendront à Hohenbourg en 1661, vingt trois ans après le traité de Westphalie. Restauré par l'archiduc Léopold II d'Autriche (1586-1632), prince-évêque de Passau en 1598, puis de Strasbourg de 1608 à 1625, mais sans cesse menacé, mis à rançon et pillé pendant la guerre de Trente Ans, il semblait en meilleure voie de prospérité à partir de 1642 lorsqu'il fut de nouveau détruit par un incendie en 1681, à l'exception cependant des antiques chapelles de la croix et de Saint-Jean ou de Sainte Odile, qui existent encore de nos jours et qui renferment la première, le tombeau d'Aldaric et le second celui de sa fille, sainte Odile. L'église actuelle fut construite entre les années 1687 et 1692, les autres bâtiments sont d'une construction plus moderne.
A la Révolution, la population des communes voisines pilla le couvent. Dans les objets volés se trouvait un œil d'or massif, riche ex-voto inestimable. En 1791, la maison de ferme et d'hôtellerie, qui était propriété national, fut adjugée avec une bonne partie des terres et la forêt, au sieur Meinrad Bruder, maire de Mutzig, et le 27 mai 1796 le couvent, y compris l'église, les chapelles et la grande cour plantée de tilleuls, fut acquis, au prix de 3195 livres, par François Louis Rumpler, ancien chanoine de la collégiale de Saint Pierre-le-Jeune à Strasbourg. En 1798 le domaine de Sainte Odile, ferme et couvent, devint la propriété de la famille Laquiante, qui le vendit en 1831 aux sieurs Wittmann de Heiligenstein, et Steinmetz de Barr, tous deux propriétaires. Ceux-ci, dès l'année suivante, cédèrent le tout à l'abbé Lhulier, ancien curé de Mandray près de Saint-Dié qui vendit à son tour le domaine aux frères Baillard en 1837. Douze ans plus tard, il fut acheté par M.Lauge de Strasbourg qui le céda à M.Rohmer d'Illkirch. C'est de ce dernier propriétaire que l'évêché en fit l'acquisition le 16 Août 1853, M. Schir, vicaire-général, fut chargé de tout ce qui concerne l'administration spirituelle et matérielle du pèlerinage. Les religieuses du Tiers-Ordre de Saint François, établies à Reinacker, près de Saverne, furent appelées pour diriger l'hôtellerie et cultiver les terres.