De nombreuses substances endogènes sont des immunostimulants non-spécifiques.
Par exemple, les hormones sexuelles féminines sont connues pour à la fois stimuler une réponse adaptative et une réponse immunitaire innée
Certaines maladies auto-immunes comme le lupus érythémateux (qui touche plus souvent les femmes) apparaissent souvent à la puberté quand le corps est soumis à de nouvelles poussées hormonales.
D'autres hormones semblent « réguler » le système immunitaire dont la prolactine, l'hormone de croissance et la vitamine D.
Certaines publications pointent un effet immunostimulant du DCA, en particulier concernant l'immunité dirigée contre certains cancers via une activation du système immunitaire non spécifique et l'activation de ses principaux acteurs, les macrophages. Selon les auteurs de ces articles, une quantité suffisante de DCA dans le corps humain serait signe de bonne santé du système immunitaire non spécifique.
Si les doses sont excessives ou trop fréquentes, des maladies ou réactions auto-immunes semblent pouvoir être déclenchées chez certains patients.
La médecine humaine ou vétérinaire utilise classiquement des antigènes bactériens.