Depuis le 1er janvier 1988, le PAGASA comprend cinq sections importantes :
et de trois unités de support :
En plus de maintenir un réseau de prise de données et de fournir des prévisions météorologiques, le PAGASA suit les systèmes tropicaux dans un secteur limité par 25°N 120°E, 25°N 135°E, 5°N 135°E, 5°N 115°E, 15°N 115°E, 21°N 120°E puis retour au premier point et il émet les alertes cycloniques nécessaires à toutes les six à douze heures.
Le 27 août 2007, le service a annoncé la mise sur pied d'un programme d'avertissements en cas de tornades quelques jours après qu'un tel phénomène eut endommagé le centre de l'île de Luçon