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Quelques prototypes n’ont jamais vu le jour, dont :
Les Amiga 1000, 500, 2000, 1500, 500+ et 600 étaient tous basés sur un microprocesseur Motorola 68000 à un peu plus de 7 MHz. L’Amiga 2000 avait un port d’extension conçu pour recevoir une carte avec un processeur plus moderne, comme un Motorola 68020, 68030 ou 68040. Ainsi Commodore a proposé l’Amiga 2500, un Amiga 2000 vendu avec une telle carte déjà installée. L’Amiga 3000 était basé sur Motorola 68030 cadencé à 16 ou 25 MHz. L’Amiga 1200 était basé sur un Motorola 68EC020 (68020 entrée de gamme) à 14 MHz. Enfin l’Amiga 4000 n’avait pas de microprocesseur sur sa carte mère et était vendu avec une carte fille dotée d’un Motorola 68030 ou 68040 jusqu’à 25 MHz.
Les coprocesseurs d’origine OCS (pour les premières versions d’A1000 et 500) puis ECS (remplacement du coprocesseur Agnus par le SuperFat Agnus) et AGA, étaient beaucoup plus avancés que les autres architectures de son époque notamment grâce à un circuit spécialisé pour contrôler le balayage vidéo ce qui rendait l’utilisation de genlocks très facile. De là vient aussi l’expression « tourner au VBL » utilisée dans le milieu des démomakers ; une démo qui tournait au VBL tournait au « Vertical Blank » c’est-à-dire que le code s’exécutait entre deux rafraîchissements d’écran (en gros, pour une machine PAL, cela signifiait que la démo tournait à 50 images par seconde, ou un multiple entier de cette valeur). Même de nos jours, des diffuseurs continuent à utiliser des Amiga 3000 et Amiga 4000 pour leurs effets vidéo temps réel.
Un défaut de l’Amiga résidait dans le fait que son système vidéo fonctionnait en mode bitplane, c’est-à-dire que pour une image en 256 couleurs, soit 8 bits, la machine superposait 8 plans pour produire l’image (les bitplanes), ce qui certes lui donnait une qualité graphique jamais atteinte par le mode VGA des PCs de l’époque, mais divisait par 8 sa vitesse d’affichage (ou 16 dans le cas, par exemple, d’un jeu qui utilisait un mode graphique 16 bits), particulièrement dans le cas de jeux en trois dimensions, qui retracent l’intégralité de l’écran autant de fois que possible, ce qui explique que John Carmack ait déclaré en 1993 que Doom ne tournerait jamais sur Amiga (pourtant, en 1997, Doom tournait en effet très bien sur un Amiga 4000/40 de 1992, grâce à l’introduction des routines C2P (pour chunky to planar) qui convertissaient le mode bitplane de l’Amiga en mode chunky (celui du PC, qui code, par exemple, pour une image en 8 bits, chaque pixel sur 8 bits consécutifs, contrairement aux 8 bitplanes superposés de l’AGA) à la volée. C’est cette limitation qui a, pendant un temps, interdit aux utilisateurs d’Amiga de jouer dans de bonnes conditions aux jeux en 3 dimensions qui faisaient fureur sur PC, à l’époque comme Doom et tant d’autres qui ont contribué à l’envol du PC familial. Ce défaut pouvait être corrigé par l’utilisation de cartes vidéo qui permettaient de s’affranchir des limitations du chipset vidéo original.
Les slots d’extension de l’Amiga étaient au format Zorro. Le bus Z-II était utilisé sur les machines ECS ainsi que sur l’Amiga 1200, alors que les machines professionnelles (A3000 et A4000) étaient équipées d’un bus Z-III, qui offrait une bande passante plus importante. Le bus Z-II de l’Amiga 1200 avait une bande passante de l’ordre de la dizaine de mégaoctets par seconde, par exemple. Des sociétés tierces ont ensuite commercialisé des extensions permettant l’utilisation d’un bus PCI, bien plus rapide (par exemple la Mediator PCI board, pour A4000 et A1200 (monté en tour) offrant à la machine la possibilité d’utiliser des cartes vidéos modernes pour l’époque (Voodoo IV, par exemple).
Le clavier de l’Amiga est assez similaire aux claviers PC 101 touches, mais il varie en plusieurs points. La répétition des caractères provoquée en enfonçant une touche est contrôlée de manière logicielle sur l’Amiga, non codée dans le KickStart et souvent synchronisée avec l’affichage vidéo. Ce qui permettait par exemple, un défilement plus fluide des documents que sur les PC de l’époque, qui étaient alors limité à 30 répétitions par secondes. Le schéma du clavier contient deux touches « Amiga » à gauche et à droite. Il y a deux touches « Help » et « Del » là où les claviers PC ont « PgUp », « PgDown », « Début », « Fin », « Insert » et « Suppr ». Il n’y a pas de touche comme « Imprim écran », « Arrêt défil », ou « Pause ». Il a aussi seulement 10 touches de fonctions alors que les claviers PC 101 touches en contiennent 12.
Le système d’exploitation de l’Amiga, AmigaOS, était également d’avant-garde. Combinant un environnement graphique Workbench similaire à celui du Macintosh et un noyau inspiré d’UNIX (le noyau s’appelait Exec et tenait sur seulement 32 Kio) contenant les bibliothèques systèmes dans une ROM Kickstart équivalente à un BIOS orienté système. Workbench a en partie inspiré le système d’exploitation expérimental AtheOS, ou BeOS.
Une partie des bibliothèques stratégiques à l’environnement graphique et au fonctionnement des périphériques (clavier, disquette) était stockée dans une mémoire équivalente à celle d’un BIOS orienté système ; ce sont les fameuses ROMs KickStart. À l’origine, les Amiga 1000 devaient même charger leur ROM Kickstart à partir d’une disquette pour se loger dans 256 Kio de mémoire RAM réservée à cet usage. Cette solution innovante permettait de mettre à jour un OS promis à évoluer. Elle fut abandonnée avec la sortie des Amiga 500 et 2000, et remplacée par des ROMs classiques pour des questions de coûts. Plus tard, lorsque les RAMs sont devenues moins coûteuses, des solutions logicielles furent crées afin de pouvoir booter les Amiga sur le kickstart de leur choix.
Le Workbench est l’environnement graphique de l’Amiga. Il était à l’origine fourni sur disquettes qu’il fallait démarrer pour bénéficier de l’interface graphique. Ainsi, l’Amiga pouvait être utilisé sans disque dur. Cette contrainte fait que nombre des premiers acheteurs de l’Amiga, orienté sur les capacités multimédia et les jeux, n’utilisent pas le Workbench et se contentent de booter sur des disquettes, l’environnement graphique du Workbench n’étant réellement exploitable qu’avec un Amiga 2000 équipé d’un disque dur SCSI.
Conçu à l’origine pour gérer des disquettes 3 " ½, le système de fichiers n’était pas des plus performants lorsqu’il était transposé sur des disques durs. Un de ses défauts était la non-indexation du contenu d’un disque, ce qui rendait l’ouverture de gros répertoires assez lente et fastidieuse. Un gestionnaire de fichiers tel que le célèbre Directory Opus permettait de pallier ce défaut. Un autre inconvénient était la limitation à 4 Go des disques durs, problème qui fut réglé avec l’apparition de patches du système de fichier (le FFS, acronyme de Fast File System). Il est aussi à noter, pour l’anecdote, que même si les derniers Amiga utilisaient une interface IDE du fait du coût moindre des disques durs dans cette norme, le gestionnaire de disques portait toujours le nom "scsi.device" car le SCSI avait été choisi pour les premières générations d’Amiga.
Des systèmes de fichiers tierces plus performants ont également vus le jour, et il est possible d’installer des devices qui permettent à l’Amiga d’exploiter des formats PC, Mac ou Linux.