La bourse de Fabricius a, chez les oiseaux, le même rôle que la moelle osseuse et le thymus chez les mammifères. Elle permet la maturation des lymphocytes T et B. Chez les males, la vivacité de la couleur du bec témoigne du bon fonctionnement du système immunitaire. La rate se situe contre lobe droit du foie, et sa forme dépend de l'espèce. La rate des Gallus est circulaire tandis qu'elle est ovale chez les pigeons ramiers et triangulaire chez certaines espèces aquatiques.
L'appareil digestif et l'appareil uro-génital sont reliés au cloaque. Les oiseaux sont ovipares ; ils n'ont pas d'organes génitaux externes.
Les oiseaux disposent de deux reins et uretères disposés symétriquement, situés dans des fosses dites rénales qui sont des dépressions de la surface ventrale du synsacrum et des ilia. Les reins sont plats et constitués de trois lobes reliés entre-eux par des ponts parenchymateux. Ces lobes globalement rectangulaires sont qualifiés de crânial, moyen et caudal en fonction de leur position. Les uretères débouchent dans l'urodaeum à l’exception des Struthionidae qui possèdent une vessie.
Comme de nombreux reptiles, les oiseaux sont principalement uricotéliques, excrétant de l’acide urique et des urates, et non amino-uréolétique (excrétion d'une combinaison d’ammoniaque et d’urée). Cependant, certaines espèces, comme les Trochilidae, le sont partiellement. Parmi les substances excrétées, on trouve de la créatine alors que les mammifères éliminent de la créatinine. Du fait de la très importante réabsorption de l'eau par les reins, l'urine est pâteuse, blanche, souvent mêlees d'excréments.
Certains oiseaux se nourrissant en milieu salé (goélands, albatros, pétrels par exemple) doivent rejeter le sel en excès. Ceci se fait grâce à des glandes à sel supra-orbitales, produisant des gouttes d'eau très salée, reliées aux narines par lesquelles se feront l'élimination.
Les glandes endocrines et leurs rôles sont très proches de ceux des Mammifères. Fait notable, c'est la thyroïde qui stimule la pousse des plumes et, chez certaines espèces au moins, qui déclenche les mues saisonnières.
Le cerveau des oiseaux ressemble à celui des reptiles, cependant leurs hémisphères cérébraux, leurs lobes optiques et leur cervelet sont plus développés. Seuls les lobes olfactifs semblent moins développés.
Le cerveau des oiseaux comprend plusieurs parties : la medulla oblongata qui contrôle les systèmes comme la respiration, la fréquence cardiaque ou la tension artérielle, les grands lobes optiques qui reflètent l'importance de la vision chez les oiseaux (ils sont cependant moins important que les lobes optiques des ptérodactyles), le cervelet aui lui aussi est de dimensions importantes (il est impliqué dans la coordination des mouvements) et le cerebrum, composé des deux hémisphères cérébraux et des petits bulbes olfactifs.
L'organisation du cerveau des oiseaux est très étudiée. Une organisation appelée Avian Brain Nomenclature Consortium a publié un nouveau schéma sur la structure du cerveau des oiseaux qui prendrait mieux en compte leurs capacités cognitives. Ce schéma remplace celui élaboré à la fin du XIXe siècle par Ludwig Edinger qui avait été construit sur le modèle de celui des mammifères.
La peau des oiseau est sèche, du fait de l'absence de glandes sébacées ou sudoripares. Elle présente cependant à la base de la queue une glande uropygienne produisant une substance grasse, utilisée pour l'entretien du plumage. La peau est rarement à découvert, elle est recouverte de plumes ou d'écailles (voir ci-dessous) sauf à la base du bec (cette zone, parfois colorée, est appelée cire. Elle est particulièrement développée chez les rapaces diurnes et les pigeons), voire sur toute la tête dans le cas des dindes, pintades et vautours.
Le système tégumentaire des oiseaux est aussi constitué des plumes, des écailles, bec, griffes, ergot, crête, caroncule, ...
La plume est, chez les oiseaux, un appendice tégumentaire complexe constitué de β-kératine qui recouvre la quasi-totalité du corps. La plume est un élément caractéristique de la classe des oiseaux.
Les écailles des oiseaux sont plus précisément appelées scutelles, elles sont également composées de kératine comme le bec, les griffes, et les ergots. Elles sont la plupart du temps présentes sur les pattes, et ne se recouvrent pas excepté sur les Alcedinidae dont les martins pêcheurs, et les Pic.
Les plumes et les écailles peuvent, chez certains oiseaux, être présentes sur la même zone des pattes.